佛珠除了拿在手中起念诵记数的念珠作用以外，还可以挂在颈部充当挂珠，或缠绕在手臂上起到佩珠的作用，这些都是具有深刻含义的： 二手持珠当心上，静虑离念心专注， 本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。 设安顶髻或挂身，或安颈上及安臂， 所说言论成念诵，以此念诵净三业。 由安顶髻净无间，由带颈上净四重， 手持臂上除众罪，能令行人速清净。 若修真言陀罗尼，念诸如来菩萨名， 当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。 再者，密教中由于三部(胎藏界)、五部(金刚界)修法之不同，对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比，是有所不同的。