关于僧团中使用拂子的由来，在《毗奈耶杂事》中说：“佛在广严城弥猴池侧高阁堂中，时诸苾刍为蚊虫所食，身体患痒，抓搔不息。俗人见已，问言：‘圣者！何故如是？’以事具答，彼言：‘圣者！何故不持拂蚊子物？’答言：‘世尊不许。’以缘白佛，佛言：‘我今听诸苾刍畜拂蚊子物。’”这是说由于比兵坐禅时，被蚊虫叮咬，搔痒不止，因此世尊才准允许比丘持拂子驱蚊虫。
佛陀允许之后，众中有人便以众宝作柄，以珍贵的牦牛尾为其拂。俗家的人看见了，就讥诮的说：“圣者！您虽剃发，而贪染却未除。”而去禀告佛陀。因此佛陀才制定做拂子的材质：“有五种袪蚊子物：一者捻羊毛作；二用麻作；三细裂氎布；四用故破物；五用树枝梢。若用宝物，得恶作罪。”
这是说拂子的材料限于五种，即羊毛、麻、细裂氎布、已破旧之物、树枝树梢，而不许用珍贵的牦牛尾及其他宝物。这是因为当时白牦牛尾所制之拂子，系最贵重者，与白马尾拂同称为白拂。当时佛陀升忉利天为母说法归来时，梵天即执白指侍于佛侧。
自唐代以降，禅门盛持拂子，或以之为庄严具；住持或代理住持者上堂时，持之为大众说法，此称“秉拂”。又执行秉拂之职务的前堂首座等五头首，称秉拂五头首；秉拂子之侍者，称秉拂侍者。或有得道者，其师则授予拂子。日本鎌仓时代以来，禅林亦用此拂子，后来除了真言宗之外，其他诸宗于法会、灌顶葬仪时，皆视之为一种庄严具，为导师所使用。
此外，密教于灌顶时，通常以拂子轻拂受灌顶者之身，作为去烦恼、除恶障的表徵，故拂子亦是密教法具之一。
而拂子是禅宗祖师最常使用的教学道具之一，因此而参悟的因缘极多。有这么一则公案：
师（香严智闲）问僧：“什么处来？”
僧曰：“沩山来！”
师曰：“和尚近日有何言句？”
僧曰：“人问如何是西来意，和尚竖起拂子。”
师闻举，乃曰“彼中兄弟怎么会和尚意旨？”
僧曰：“彼中商量道：即色明心、附物显理。”
师曰：“会即便会，不会著什么死急？”
僧却问：“师意如何？”
师还举拂子。
这一则公案中，沩山的弟子讨论沩山竖起拂子是即色明心、附物显理的意思。香严批评沩山的弟子们“会即便会，不会著什么死急？”意思是说：悟入的人则当下悟入，不了悟的乾著急有什么用？于是这个僧人乃再度请教香严之意，香严仍是举起拂子。这个动作穿透一切语言，直示如实佛性。
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