龙卧寺创建于唐咸通五年（864年），初名伽蓝寺，位于今寺西北约三四华里之伽蓝山，规模不甚敞，现寺废址存。后因伽蓝寺经常遭受匪患而废弃，僧众乃于今之龙卧禅寺后面结庵而居，称为博山禅院，即现在所说的旧寺，遗址尚在。现存的寺院建于宋乾道三年（1167年），由檀越捐助和广募众缘，修建了佛刹、藏殿、法堂、门庑、寝室，改称为“龙卧禅寺”。元至正七年（1347年），住持志哲、志贤暨其徒曾修葺一次，又历经127载，藏殿、仓舍荒毁日甚。至明成化九年（1473年），寺僧盛中重修佛庵，未竣工而逝。适有慧深大师偕徒海月上人，继主是山，他们矢志经营，遂于明弘治五年（1492年）冬建法堂于佛庵之左。越二年建五帝堂于佛庵之右，而僧房整修一新。翌年，东庑钟楼、仓舍亦落成。又历8年，先后建成大殿、石佛、庭除和北林庄屋。再越3年，西庑从屋及垣墙都已建成。至此，龙卧寺殿、廊庑、仓、库、厨、寮、方丈，样样俱备，达到鼎盛时期。