光绪十年（1884年）升任两江总督的曾国荃，不忘履行自己的诺言，他号令手下湘军诸将捐献巨资，从南岳衡山运来香木，将临近两江总督府（今南京总统府）的始建于明嘉靖年间的一间小庵，扩建成了一座雄伟壮丽的大庙，因庙中供养毗卢遮那佛，故名毗卢寺。
其时毗卢寺东至清西河、西至大悲巷、北至太平桥、南至汉府街，遂为南京第一大寺。海峰法师成为毗卢寺的第一任方丈。
南京毗卢寺为天下共知，当在中华民国建都南京之时。因其坐落在民国政治文化中心――长江路的起首，而一跃成为全国佛教的中心。中国佛教会、中华佛学研究会、中国宗教联谊会、首都中医院皆设于此，其时民国要人多相往来，连孙中山先生也曾亲往静思。当时寺中有万佛楼一座，供奉镏金铜佛三千尊，造型各异，金碧辉煌，叹为民国一景。
如今徜徉在香烟缭绕的毗卢寺中，据说是曾国荃当年亲手种植的两株银杏，硕果累累，仿佛在诉说着百年的因果轮回。当年扩建的大雄宝殿里，从南岳运来的香木立柱依然幽香袭人，殿后两棵有着300年历史的黄杨古树下，两口古井的井水依旧清冽甘甜。穿过黄杨古井，拾级而上，斗拱飞檐中“万佛楼”三个描金大字熠熠生辉。楼外黄墙红窗、琉璃飞檐，叠映成趣。楼内雕梁画栋、珠灯藻井，令人目不暇接。1万余尊形态各异的镏金铜佛，金光万道、与日争辉，善男信女争相供养。
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