关于它的起源，日本·成寻在《参天台五台山记》卷三〈宋神宗熙宁五年八月八日〉条云︰实性院本名清泰寺，中有傅大士像供人礼拜烧香。院主长老谓诸寺打木鱼鼓召集行者，乃源于傅大士。往昔，大士觅头陀于嵩山时尝打鱼鼓，头陀即应鼓声而来。其后，天下大小寺院均以木鱼鼓集合大众。又，有认为木鱼是隋代沙门志林所造，但因史料缺乏，无从采信。此外《增修教苑清规》卷下〈法器门〉木鱼条又有另一传说（卍续101·791上）︰ ‘婆沙云︰有僧违师毁法，堕鱼身，背上一树，风涛摇摆，出血苦痛。本师渡海，鱼遂作孽云︰汝不教我，致堕鱼报，今欲报怨。师曰︰汝名甚么。鱼曰︰某甲。师令忏悔，复为设水陆追拔。夜梦，鱼曰︰已脱鱼身，可将我树舍寺，以亲三宝。师果见鱼树，刻鱼形，悬挂警众。’ 至于现今诵经、礼佛时所使用，头尾相接的团圆形木鱼，可能是明代的产物。明·王析《三才图会》即谓︰‘木鱼，刻木为鱼形，空其中，敲之有声。（中略）今释氏之赞、梵呗皆用之。’并绘图说明。《禅林象器笺》〈呗器门〉也说︰ ‘按图会木鱼图，鱼头尾自相接，其形团栾。今清国僧称木鱼者，作龙二首一身，鳞背两口相接，衔一枚珠之形，亦空肚团栾。盖与图会木鱼同，讽唱时专敲之以成节。’ 其中所谓改鱼身作龙头，可能是取《群籍一览》卷上所载刘斧《摭遗》所谓‘鱼可化龙，凡可入圣’之义。 一般，木鱼都是横穿腹部中央，作中空的团栾形，头部、鳞甲、龙珠等多隈以黑漆，押上金箔，其它部分则涂以朱红；安于小布团上，以包皮的木槌敲击腹部中央。至于体积大小，普通是径一尺乃至六尺，较小的则有三寸乃至五寸等。现今台北金山乐园中，安有一高七尺半、宽六尺的巨型木鱼，并撘配一支长八尺四寸，重六十公斤的大木槌，全部由樟木雕造而成，堪称一绝。
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