在此次专家评选会上，雕塑家们分别介绍了佛顶舍利安奉以及卧佛设计与供奉的四种方案，即A、B、C、D四种设计小样。专家们根据这四种方案评议发表意见，最后投票选出最佳方案。但不知何故，会议主办方没有当场宣布投票结果，所以具体哪个方案胜出尚处于机密状态。
虽然最终方案还是一个谜，但专家们与方案设计方的激烈争论却不出所料地发生了。南京师范大学美术学院博士生导师、著名佛教文献与艺术专家黄征教授认为，佛教的“涅槃”是一种不生不灭的永恒宁静的境界，卧佛的设计应将宗教意义与现实意义紧密结合在一起。佛陀用生老病死四相来劝化众生，因而“涅槃佛（卧佛）”必须具有“归于寂灭”的表象特征，不能把卧佛制造成休闲游戏的状貌。卧佛的现实意义就是要让观众看到“死”，但是又不能害怕死，在生死关头要能泰然处之，得到心灵的安宁。有鉴于此，他认为敦煌莫高窟第158窟的卧佛是最成功的卧佛作品，值得借鉴。莫高窟第158窟卧佛是侧身横卧的大佛，右手枕头，手掌平舒；双目轻合，嘴角微笑；两足叠加，足底宽平。这是唐代艺术家根据佛经的描述制作而成的。卧佛上半象征着生，下半象征着死。由于上半象征生，所以嘴角微笑；下半象征死，所以两足叠加。由此而论，设计方提供的卧佛方案有的侧身斜躺作休闲游戏状，足底弓曲略略错开，丝毫没有死相，也与佛的“三十二相八十种好”的特征“平足”不合。
此外，专家们还对与卧佛供奉项目密切相关的佛顶宫总体设计方案也提出了一些质疑。按照现在执行的设计方案，一个多层的建筑，中间的主要区域将是一个天井式的上下直通空间，佛顶舍利位于底层地宫，佛涅槃像则悬空吊挂，形成地宫的天花板，每天根据需要或降或升，在中段举行瞻礼与供奉活动。举行活动时，就将卧佛升起到天花板处，使卧佛的床底板又成为中段空间的天花板。对此设计，黄征教授也提出了严肃的质疑。他认为，佛的涅槃像是不生不灭、永久宁静的象征，应该让卧佛静静地卧于平台，不可以忽升忽降，使得涅槃中的佛起落不定，难得安静。这种设计方案将来很可能会遭到佛教界和信众的批评。
京大学赖永海教授等多位专家对这种设计也深表担忧，他们也认为忽升忽降的做法很不妥当。然而，这些专家的质疑遭到设计方的坚决反对，最后当地政府领导表示，原有的方案已经通过了专家的论证，所以决定不予改变。一些专家就此提出签写免责协议，可见争论之激烈。
另外，在上次论证会上，有佛教僧人代表提出：把舍利放在地下室很不恭敬。而舍利的安奉以及未来的升降与卧佛供奉直接相关，因此，佛顶舍利的安奉与瞻礼方案同样引人关注。
2010年6月12日上午9点15分，南京大报恩寺七宝阿育王塔金棺银椁被打开，佛顶真骨盛世重光。堪称千载一时的佛顶真骨重光使南京佛教文化的深厚底蕴得以进一步彰显。南京是六朝古都、十朝都会，拥有2480余年的建城史和1780多年的佛教文化发展史。从东吴到南朝，一代代译经大师在这里翻译了大小乘佛教经典约500部、2000多卷，使南京成为全国重要的译经中心、义学基地。南朝时，金陵城内讲坛遍布，法会听众如云。以建康为中心的南朝佛教，影响后来中国佛教至为深远。晚清中国佛教衰微，杨仁山居士在南京创立金陵刻经处，刻经、讲学、弘法，直接推动了近现代中国佛教的全面复兴。（文/萨埵）
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