石室禅院在宋、元、明、清、民国年间曾多次重修，明朝时规模最大，“殿宇三重，僧舍六十四间”。

药师佛道场石室禅院（图片来源：凤凰网佛教 摄影：石室禅院）
药师佛道场石室禅院位于厦门海沧区玳瑁山下，面对灵鹫山，据《漳州府志》、《龙溪县志》、《海澄县志》记载：石室禅院创建于唐垂拱二年（686年），原为人们修行的石室。后唐同光三年（925年），始建为寺院，是闽南千年古刹之一。
石室禅院在宋、元、明、清、民国年间曾多次重修，明朝时规模最大，“殿宇三重，僧舍六十四间”。现仅存大殿一幢，建于道光年间，经光绪年间重修，遗留至今。现存建筑物占地总面积约5000平方米，寺墙内庭院长21.8米，宽11.5米，进深12米。石室禅院坐南朝北，寺后山上的“游城古寨”、“尖山古寨”为明代戚继光抗倭遗迹。2001年，政府批拨土地100亩用于禅院重新扩大修建。
现任住持忠明法师是在1997年完成了闽南佛学院本科的学业后，经由杏林区政府邀请，担任了当时比较偏僻的石室禅院住持一职。忠明法师驻寺后乃发起重兴石室禅院药师佛古道场之宏愿，内重自修，举办各种法会，外重弘法，积极促进与各界交流。2000年元月，忠明法师发起初创立了厦门市石室禅院慈善功德会。
崇峻的玳瑁山，雄壮的灵鹫山，千年的石室古寺，药师佛专修道场，在广大善信的热心建议和鼎力支持下，如今已配套完善了大雄宝殿、药师密坛、福寿楼、福慧楼、斋堂、讲堂、禅堂、云水寮、地藏殿、琉璃宝塔、祈福钟殿、万福万寿和平钟、钟楼、鼓楼、内外山门、护法殿、三宝楼、慈善公益机构、义工服务中心等，使石室禅院成为一座集弘法、学修、朝山、揽胜、慈善、教育、交流为一体的综合性禅院。今禅院住有僧伽30人，常驻护法志工120位，全国各地在册慈善会员20000余众。
因缘聚合，石室禅院又于2015年与海峡两岸各界人士共同发起创立了厦门市石室书院。历史上最早的“石室书院”位于四川成都，已建校2100多年，是中国地方政府创办的第一所学校，被普遍认为是世界上“最古老的地方‘官学’”。而今海沧区所辖区域历经多次沿革调整，但是其间却不乏鸿儒传经讲学的身影。因此，这处海疆之地早在宋朝就开始接受儒学文教的滋养，并逐渐孕育形成耕读传家的文化传统。在此期间，海沧古代的书院作为教化一方的平台和载体，功不可没。从明代开始，石室禅院附近就有著名的华圃书院与文圃书院等古代书院。石室书院的成立更使石室禅院提升成为集学修、教育与文化交流等多功能的独特人文景观，为了传承和弘扬中华优秀传统文化，致力于打造集国学、佛医等方面的高水准学术交流、培训、研讨、实践为一体的重要工作基地。
2017年6月，经中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室批准，中国社会科学院与厦门市石室书院在厦门市石室禅院设立国家级海峡两岸交流基地，是全国首家省部合作共建的海峡两岸交流基地。基地成立以来，依托中国社会科学院“学科门类齐全、专业人才集中”的优势，合理规划开展对台工作，促进两岸文化交流活动，根据国家对台政策适时调整两岸文化交流的发展方向；以海峡两岸交流基地为平台，运用彼此学术资源和文化资源，承办多场次两岸交流活动，广泛增进两岸民间文化互信。