首先要选择合适的念珠，当然是选择自己喜欢和使用方使的念珠。可选挂珠，持珠或戴珠。不同质料的念珠，在持诵修行时所获功德不同。据《佛说校量数珠功德经》所载，不同材料的念珠差异如下：
质料 功德倍数
铁 五倍
赤铜 十倍
珍珠、珊瑚 百倍
木槵子 千倍
莲子 万倍
因陀罗怯义(青色宝石) 百万倍
金刚子 千万倍
水精(晶) 万万倍
菩提子 无量数
其次，修不同的法使用不同的念珠，在密宗修持中，据《金刚顶瑜珈念珠经》载：“佛部念诵菩提子，金刚部法金刚子，宝部念诵以诸宝，莲花部珠用莲子，羯磨部中为念珠，众珠间杂应贯串。”这是指唐密(也就是汉地密教，由唐朝开元年间善无畏、金刚智、不空三大士传来中土)中修法中分为五大部即佛部、金刚部、莲花部、宝部、羯磨部，每一部有五大类真言，三密(身、口、意)修行方法有其仪轨，因此使有不同质量的念珠，所获功德也有差异：
质料 功德倍数
砗磲 一倍
木槵子 二倍
铁 三倍
熟铜 四倍
水晶、珍珠、诸宝 百倍
帝释子 千倍
金刚子 俱胝(十万)
莲子 俱胝(万万)
菩提子 无量数
在密法修练中，念珠在使用方法和贯串的方法也有不同。在密法四小悉地(即下品的四小成就法)修行中，有息灾、增益、怀爱、降伏四法中，所用念珠也不同，如修息灾法用白色念珠，修增益法用黄色念珠，修怀爱法用红色念珠，修降伏法用绿色念珠。但这些法门须在上师灌顶后才可修行。菩提子念珠则修任何法都可通用。
再者，在唐密和藏密的修法中，均有加持念珠的真言，念诵经咒之前，诵加持念珠真言可获无量倍功德。如唐密加持念珠真言为“唵，毗庐遮那摩诃，莎诃”。密的修法中，藏密加持念珠真言为“嗡，惹渣若嘛呢，扎瓦达哑哄”。每使用念珠前诵加持念珠真言七遍。
另外，有些经典中对于掐珠的方法，也有不同的记载。《摄真实经》中对执持念珠的方法是这样 ：
佛部：应用右手母指与头指(食指)掐之；
金刚部：应用右手母指与无名指掐之；
莲花部：应用右手母指与四指掐之；
羯磨部：应用右手母指与四指掐之。
《苏悉地经》中的记载是只有胎藏界三部：
佛部：右手大指与无名指之头相合，中指与小指直立，头(食)指少屈，附于中指中节以掐之。
莲花部：合大指与中指之头，余指皆舒而掐之。
金刚部：合大指与食指之头，余指皆舒而掐之。
《军荼利仪轨》云：以右大指捻头指当心拨珠，余三指散直(这是佛部的说法印，亦名“持明印”，这里则为“念诵印”)。左手引珠，右手持珠，如转**状。
《无量寿仪轨》云：二手当心，各聚五指，如末敷莲花，左手持念珠，以右手大指无名指移珠，诵至最后一字移一珠。
以上均为佛典所载，实际大都为唐密使用方法。唐密佛珠有两个佛头，表自度度他。唐密之所以以母指与四指掐珠居多，因唐密五指以小指起表地、水、火、风、空，四指(即无名指)表水，唐密修行之真言种子，须借水浇灌之方得以发芽、生长。不过，现在大家都习惯了用《摄真实经》佛部和《苏悉地经》金刚部的方法。如果真的是发心修行的善男子和善女，还是以遵照经典记载的掐珠方法修持为好，因为功德究竟不同。
