宋元香文化的繁荣在明清时期得到了全面保持并有稳步发展，社会上的用香风气更加浓厚。自西汉至明初的1500年间，熏香风气愈来愈浓，香药消耗量很大，各地多年生木本香药资源如“沉香、檀香、降真香”等已越来越稀少。因此，明清的香药供给也更依赖于进口。
明代宫廷为了控制香药贸易带来的经济利益，仍然禁止民间交易，但允许政府管制下的“朝贡贸易”。 1405至1433年（永乐宣德年间），郑和率领两万余人的庞大船队七下西洋，沿途用人参、麝香、金银、茶叶、丝帛、瓷器等物与各国交易，换回胡椒、檀香、龙脑、乳香、木香、安息香、没药、苏合香等等。这些香药除供宫廷使用，大部分都被销往各地，为国家创收。对于海上走私和民间香药贸易，国家虽然控制极严，但在广泛的市场需求和巨额利润的诱惑下，地下贸易始终禁而不至，许多地方走私贩海规模也依旧很大。如嘉靖时，虽然海禁极为严厉，但东南沿海民众及徽州商帮仍不顾禁令，造船出海成风，“富家以财，贫人以躯，输中华之产，驰异域之邦”。（《海澄县志》）利润巨大的香药贸易不仅吸引了众多海内外商人，还诱使一些官员加入了走私活动。
明代的北京不仅有知名的香，还有知名的专业“香家”制香，由于质量颇优，深得文人雅士之追捧。如以制造“龙楼香”、“芙蓉香”、“万春香”、“甜香”、“黑龙挂香”、“黑香饼”等皆有名气的制香名家刘鹤，以芙蓉香、黑香饼而闻名于世。黑龙挂香、龙楼香、万春香以“内府”（宫廷）所制为好。甜香则须“宣德”年间所制，“清远味幽”，还有真伪之分，“坛黑如漆，白底上有烧造年月，每坛一斤，有锡盖者方真。”当时知名的香家还有北京的“前门外李家线香”、“恭顺候府各式熏香”等。明清时，东莞寮步的“香市”与广州的花市、罗浮的药市、合浦（今属广西）的珠市并称“东粤四市”。
明清时期的香学论文也较为丰富，各类书籍都常涉及到香，其中影响最大、最突出的应数周嘉胄的《香乘》。《香乘》是内容丰富的一部香学专著，汇集了与香有关的多种史料，广泛涉及香药、香具、香方、香文、轶事典故等内容。此外，众多医书对香药和香品的记载也很丰富。《本草纲目》几乎收录了所有香药，也有许多香方和香药为主的药方，用来祛秽，防疫、安和神志、改善睡眠及治疗各类疾病。包括“烧烟”、“熏鼻”、“浴”、“枕”、“带”等用法。如：麝香“烧之辟疫”；沉香、檀香“烧烟，辟恶气，治瘟疮”；降真香“带之”、安息香“烧之”可“辟除恶气”；茱萸“蒸热枕之，浴头，治头痛”；端午“采艾为人，悬于户上，可禳毒气”。
