佛陀在游化广严城，住乐音树下为比丘、菩萨、国王、大臣、天龙八部等无量大众说法之时，文殊师利菩萨向佛陀请问诸佛名号、本愿功德，以便令听闻佛名号的众生能够业障消除，同时还能够利乐像法之时的一切有情。这时佛陀称赞文殊师利为拔除有情众生的业障，并且利益像法转时的一切有情众生所作的劝请。接着佛陀便向文殊师利菩萨讲说了东方琉璃世界药师佛国土的庄严殊胜，往生药师琉璃净土的修行方法，以及药师佛在往昔行菩萨道时所发的十二种大愿。
像阿弥陀佛在过去世修行时所发的四十八大愿一样，药师佛在往昔行菩萨道时，为了救拔有情众生，分别从不同方面发了十二大愿。愿愿都是为了更加方便善巧地度化众生。
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身；令一切有情，如我无异。
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病苦。闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属、资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身。闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难陵辱，悲愁煎逼，身心受苦。若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业。得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼。若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具、华鬘、涂香、鼓乐、众伎，随心所玩，皆令满足。
愿以此阅读、转发、随喜之功德普皆回向，善根增长，往生极乐！
愿以此功德，庄严佛净土；
上报四重恩，下济三途苦；
若有见闻者，悉发菩提心；
尽此一报身，同生极乐国。
