在佛教共同乘的外皈依中，以佛陀为本师，将佛法做为修行解脱依循的正道。以僧众为修行助伴，以此为三宝而顶礼皈依。无上导师是佛宝，无上救护是法宝，无上指引是僧宝。在不共的密乘内皈依中，以身、口、意三门供养上师，依止本尊修行，以空行为助伴，成就上师、本尊、空行三根本，以此皈依。
在殊胜善巧的金刚乘密皈依中，净化脉、气、明点，清净脉而现化身，清净气而现报身，清净明点而现法身，以密皈依成就法、报、化三身。在究竟实相的金刚乘极密皈依中，皈依诸圣众尊相续的本体空性、自性大光明，和周遍大悲等三相无别的智慧，以此不断修持，使自己的自相续生起无相之智慧。真实善逝三宝三根本，脉气明点清净菩提心，体性自性大悲坛城中，乃至胜义菩提恒皈依。这四句皈依文，包括了外、内、密及极密的皈依，具有“因皈依”和“果皈依”的意义。
在共同乘中，不论是小乘或是大乘，都是先从皈依佛、法、僧三宝开始修起。皈依佛的“佛”，分为法身、报身、和化身三身。法身是最究竟的，我们从最初的修行，一直到真正理解般若空性，证悟究竟法身佛的果位为止，都必须不间断地依靠三宝，忏悔业障，累积资粮。这种皈依称为因皈依。有关皈依的修法，因修行的方式而有所不同，由皈依的对境，依次往内依止。对所有佛教徒来说，佛法僧三宝是因皈依的对境；在我们还没有完全成就证悟之前，三宝始终是修行的对境所依。
在金刚乘里，并不强调以因找果的途径，寻找心性本体，来成就果位，这是为什么呢？因为法身本是内在心性的本体，不假外求，过去、现在、未来，始终无生无灭。 于本体体性上，无任何舍取之心，也没有任何好坏分别。我们依靠禅定和般若等各种修行方法，让本具的佛性，也就是原始的觉性，从客尘障中自然透脱，安住在空性中，现证法身佛果位，并不是在心性外面，另外去寻找一个果位。这种直接对原始清净的心性本体，本有的法身境界所作的皈依，称之为果皈依。当然， 这是非常难修的。
由于我们对佛、法、僧的虔诚，从因皈依开始，依靠三宝，透过佛、法、僧的慈悲力，慢慢修行，从无明愚痴中觉醒，自然会产生法喜的觉受。在修行过程中，杂念和分别心越来越少，对世俗种种的执著，也会慢慢消失。那时，会逐渐体解心性本体。如是精进，最后会恍然大悟，原来法身是人人本有的佛性。
但是，对现在正在修行或还没修行的人来说，那清净本有的佛性，无始以来，早已经被深厚无比的烦恼习气所覆盖，这就是所谓的客尘障。为什么本有的清净本性会被掩盖呢？因为二元对立的分别心产生以后，由分别心形成众多复杂的杂念和妄想，本性觉受的光明因此就被遮掩住了。为了要让觉性光明显现出来，最佳的捷径就是追本溯源，直接探究心性根本。对于所有二元对立的分别，包括内在我执和外境实有的执著，用果皈依的方式去破除，破除到最后，本性光明自然会显现。
同样是正法，因为修行的方法不同，往外依止和往内依止，两者在速度上有快慢的差别。依赖外境，成就的速度比较缓慢；往内依止心性本体，成就的速度比较迅速。 如果想要往内求，就要先从明白自己的种种心念开始，以正知、正念观察自己的身口意，时时安住在原始清净的本性中。要修到这样究竟证悟的成就，中间需要不断追随具德上师闻思修佛法，并有百分百坚定不移的信心。所以，我们常说，修持密法需要上上根器的人。
