宗杲禅师因避乱而带着五十三名学者来到此间，因年深日久，寺已荒废，禅师率众重新筑庵，一时吸引各方僧俗云集山中。并且，在师严课下，五十日内就有十三人开悟，这在中国佛教史所上是十分罕见的。也使得这座寺院自古开始，便格外殊胜。
长乐云门禅寺的开山祖师大慧宗杲禅师，宋代禅林巨匠，师本安徽宣城奚氏子，讳宗杲、号妙喜（1086-1163），绍兴二十八年，南宋高宗敕赐“大慧禅师”，隆兴元年（1163年）禅师示寂后，孝宗又赐谥号“普觉”，绍兴四年（1131年），结庵于洋屿鹤山，筑室修行，随行学者五十三人，五十日内竟有十三人开悟，后皆为各地名山宝刹住持僧人，被誉为临济再兴。
宗杲禅师十二岁出家，十七岁落发受戒，便以大彻大悟，了脱生死大事为目的，遍究禅法。先后参当时云门、曹洞、临济等禅门大德。三十岁前后，已是声名大振，宣和七年（1125年）参圆悟克勤禅师，终于获得大悟，得其印可，分座说法，声誉四起。靖康元年（1126年）丞相吕舜徒奏请赐紫衣，并得“佛日大师”赐号。
宗杲禅师在洋屿期间留下不少鸿迹，其间做了三件重要的事：一是著《辩正邪说》批评时盛行于福建一带另一佛教禅法“默照禅”为邪说，以救一时之弊；二是火烧圆悟克勤所做《碧岩录》版，入闽因见新进后生珍重《碧岩录》其语，即碎其版，辟其说，以祛迷援；其三弘扬禅法，严收法嗣，在洋屿从之得法者十有三人后多为各地名山宝刹住持僧，如福州怡山西禅寺第十三代住持僧懒庵师进士出身，受福州府府主之请开法怡山；第十六代此庵禅师讳守净；第二十代竹原宗元庵主；第二十一代剑门庵分庵主；第十七代木庵禅师讳永安，系懒庵鼎需禅师法嗣，师之徒孙。乾道二年移主鼓山主持涌泉寺。一时间仅西禅一寺和涌泉寺就有五位住持僧为师之法嗣法孙，诚所谓名师出高徒。
宗杲禅师是禅宗史上一个非常重要的、划时代性人物，他所提倡的看话禅是禅宗史上一个富有创造性的禅法体系。在洋屿期间留下了的鸿迹如寺前之“坐禅处”、“望拜石、摩崖石刻佛号偈语”等，皆有珍贵历史文物价值。洋屿山亦即因师之重，又名云门山，寺亦即因称云门。
师晚年心痛二帝被俘，金兵又不断入侵，满腔痛心疾首爱国热情，高呼儒、释、道三教合一，团结一致抵御外侮，洋屿云门寺建筑，一列三殿，右文昌阁（儒）。中如来（佛），左元武殿，玄天上帝（道），即充分体现了师之爱国思想体系，为其他寺院所少见。
南宋乾道年间（1165-1173年）孝宗皇帝应寺之请御书“石门箑”三字，即景题词，及书寺匾额，惜后均焚于大火。时当朝宰相里人郑昭先之父在鹤岗山腰营建园林、亭榭。南宋嘉定年间，郑氏舍园林扩建寺院，寺貌一时蔚为壮观，禅寺建筑规模宏大，其旧址范围，几乎占整个鹤岗，以及山后高狮潭一部分。当年寺正殿正踞于鹤背之上，取“驾鹤西归”之采兆。鹤岗左侧土地庙石英山山下之“古庵角”，即当年妙善庵遗址，还有焚化炉、祖师塔数座，惜解放后垦荒种园中均被毁。寺山后高狮潭亦有殿宇建筑及僧寮。基石仍存，历历可稽，鹤岗右侧（西边）峋岫林立，千姿百态，下临江烟波浩渺，风光秀丽，时建有许多楼阁，现台榭以圯，惟“临江台”遗址兀立于危岩上，其他亭阁基础，依稀可辨。今日寺大雄宝殿，即为当时火后剩下寺之庑院（俗称头门厅），因离正殿较远，所以幸存。有一年秋修山园时，清理土石中挖出一些宋时铜币，足证当年于此活动之频繁。故享有江左第一“禅林”之盛誉。前人有诗：“三山名胜誉涌泉，左海南疆有云门”，把鹤山云门寺与鼓山涌泉寺互相媲美。
如今整座寺院还保留着明代的建筑风格，古朴大方厚重。云门禅寺前一片石林耸立，有的像石笋，有的像帽子，形态各异。岩壁有不少摩崖石刻，是清咸丰年郑宪庆录历代名人如宋状元黄裳、宋枢密使郑昭先、明代林鸿等游云门寺时写的诗文。其中郑昭先咏《狮子岩》的五言古诗写于他八岁时，才气横溢：“生出群毛长，英雄跨百尊，爪牙应大用，今且踞高冈。”还有不少摩崖石刻，如“龙冈”、“头头是道”、“坐禅处”、“青云梯”、“狮子石”等。这些摩崖石刻有较高的艺术价值。
云门禅寺风光秀丽，环境幽静。鹤山右侧怪石林立千姿百态，苍松翠柏点缀其间。远眺闽江烟波浩渺、风帆点点，脚下平洋稻浪翻滚，水师营地、亩忠堂郑氏祠堂、郑和下西洋驻舟的太平港古道头历历在目，与绿树红花相映成趣。波碧山青，胜似蓬莱仙境。
