崇仁寺在历史上是华严宗寺院。南宋绍兴四年至绍兴六年,大慧宗杲禅师四十六岁到四十八岁三年之间，曾兼任崇仁寺的方丈。他在本体论上提倡华严禅，在实践方法论上提倡看话禅，使得许多禅和子明心见性。
南宋大慧宗杲禅师是中国佛教史上、中国禅宗史上的一位划时代的大德，大慧禅师先后参访洞山微、湛堂文准、圆悟克勤等大师，32岁开悟。随后，宋高宗招度进山，住持径山。他在本体论上提倡“华严禅”，在实践方法论上提倡“看话禅”，使得当时很多的禅和子能够明心见性。宗杲禅师的《大慧语录》30卷对国内及韩国佛教界的影响力很大，直到现在整个韩国佛教的根基都在于此。至今《大慧语录》为韩国通度寺、海印寺、松广寺、白杨寺等著名丛林、以及佛教僧伽大学的基本重要教材之一，引后学无数。
大愿方丈率众重建的崇仁寺，依旧座落于绿色林木围绕山水，烟霞棋盘山雾缭绕，地形四面蔽塞，山路险峻、风光无限的金沙山峡谷里。
寺院目前建有：毗卢遮那佛、文殊菩萨、普贤菩萨——华严三圣殿、方丈楼、山门、充盈华严禅境的绕寺长廊、莲花广场、斋堂、僧僚房、客堂、居士楼等。
一塔一寺建筑融合的主要特色有：华丽庄严；古朴典雅；山水相融、寺塔相融、寺城相融，为浙闽赣三省边际佛教之殊胜圣地。
大慧禅师与方广寺，崇仁寺两个寺院因缘流长；大愿方丈分别在1998年、2009年年底住持方广寺、崇仁寺，重建、复兴、弘扬华严禅之法脉，所以大愿方丈与大慧禅师的因缘既殊胜、微妙；又巧妙、奇特。
