清明祭祖之习俗，源远流长，其意义在于教人不忘根本，启发后人敬孝的观念。佛教僧团则以诵经、上供、扫塔等形式追思纪念祖师先德。2016年4月4日，农历丙申年二月廿七，清明节，厦门南普陀寺和闽南佛学院全体僧众举行了一年一度的扫塔上供祭祖法会。
奉方丈则悟法师慈命，早上7时起，南普陀寺首座慧然法师、堂主智常法师、堂主兼维那妙真法师、堂主兼副寺法尊法师，闽院副院长法源法师、办公室副主任悟源法师、副教导长超波法师等分别主法，带领常住僧众、男女众部全体师生分组前往南普陀寺祖堂、祖师双塔、会泉长老塔、转逢长老塔、妙湛长老塔、太虚大师塔、普同塔、善信塔、功德楼等处上供祭祖、诵经祈福。一时，梵音缭绕，经声朗朗，全体僧众虔诚唱念，藉此表达对祖师大德的无限感恩之情；并愿以此功德回向世界和平，国泰民安，风雨以时，正法久住。
