戒台寺除了拥有众多的古树，还有许多美丽的花卉，其中有不少是珍贵品种。每年从4月开始，连翘、丁香、玉兰、锦带、牡丹、芍药、金银花、白桃花、太平花、榆叶梅、紫薇、碧桃、珍珠梅等相继开放。6月，寺外满山的木兰牙树开满黄色的花朵，把戒台寺团团包围。寺内红墙绿树，寺外黄花遍野，这道独特的风景，只有在戒台寺才能见到。身处其境，花香袭人，赏心悦目，解忧忘烦。
1997年4月，中国科学院植物研究所的一级研究员余树勋、董保华两位教授来戒台寺考察。经过采质、取样等方式测定，他们惊喜地发现，这里的20棵古丁香的树龄在200年以上，其树龄之古，数量之大，在北京地区堪称第一。两棵古锦带的年龄竟达150年以上，这在整个华北地区是绝无仅有的。19株古牡丹也已生长了200年以上。两位专家欣喜若狂，随即为这些古老的花卉分别出具了鉴定书。
古丁香
丁香是戒台寺最珍贵的花木之一，共有1000多棵，其中200年以上树龄的就有20棵，戒台寺的丁香高大粗壮，花香芬芳，树形多样，数量众多，树龄长，在北京地区可算是首屈一指。
戒台寺的古丁香遍布寺内外，一般都高达5、6米，树冠直径6至9米，绿荫面积30至70平方米。最粗的一棵在牡丹院内，树干径围达70厘米。最古老的一棵在千佛阁前北侧，其主干已有300年树龄。戒台寺的丁香，以华北小叶丁香为主，有白色和紫色。近年来，戒台寺又引进了许多珍贵的丁香品种，如四季丁香、朝鲜丁香等。每年4月中旬丁香花开，这里都要举办规模盛大的丁香节。
锦带
锦带是戒台寺珍贵花木。大雄宝殿前左右两侧各有一株锦带，树龄在150年以上，这在整个华北地区都是绝无仅有的。锦带又称五色海棠，每年4月开花，到11月底，旧花落去，新花又开，花期超过月季，是北京花期最长的花。锦带最大的特点是一枝之上能开出几种不同颜色的花，当地百姓亲切地称它为“十样景”。据说这两棵古老的锦带品种名贵，非民间所有。
牡丹
戒台寺的牡丹久负盛名，早在清代就开始种植，据传是乾隆皇帝1746年第二次游戒台寺时所赏赐，当时就种在了作为行宫设置的北宫院。清光绪十年(1884)，恭亲王奕?被慈禧太后免职后到戒台寺居住，住在北宫院，他出资对北宫院进行了大规模的整修，并从恭亲王府引种来一些名贵品种的牡丹花，在院内广为栽种。因北宫院内牡丹满园，因此改名为“牡丹院”。牡丹院的牡丹古老而名贵，除红、白、粉、黄等颜色外，还有花朵硕大的千层牡丹、黑牡丹、绿牡丹，有的是奕亲手栽植。牡丹院中最大的一株牡丹在院北房门前西侧，株高近两米，主干直径10多厘米，冠部直径达两米多，花朵直径达30多厘米，厚20厘米，如此古老的牡丹至今仍生气勃勃，还能开出如此硕大娇艳的花朵，实属少见。
太平花
太平花是戒台寺的另一种名贵花木，主要生长在方丈院前台基的两侧边缘，以及直上直下的台基侧壁上，共有30多棵。其中最粗壮的一棵，竟长在方丈院房后的过水眼上，雨季水眼形成小瀑布，上面长着太平花，景观十分罕见。太平花花色乳白，花朵不大，花开时节，具有一股特有清香气味。戒台寺的太平花已有百年树龄，是难得一见的古老花卉。
戒台寺花木最多的地方是后花园，这里原来是方丈院，明代以后开辟成了花园。这里花木繁多，主要有牡丹、丁香、金银木、珍珠梅、榆叶梅、连翘、紫薇、碧桃、樱花等，花开时节，姹紫嫣红，争芳斗艳。在这里，生长着著名的菊花松，粗壮的古银杏已有百年树龄，油松、白皮松挺拔苍翠，还有3株奇特的龙枣。枣不争春，夏初季节才发芽，只开小小的花，秋天却结出大大的果，与开花却不结果的牡丹相映成趣。有人戏言：牡丹花好空入目，枣花虽小果实丰。步入后花园，使人心旷神怡、如醉如痴。
