雍和宫由牌坊和天王殿、雍和宫大殿(大雄宝殿)、永佑殿、法轮殿、万福阁等五进宏伟大殿组成，另外还有东西配殿、“四学殿”(讲经殿、密宗殿、数学殿、药师殿)。整个建筑布局院落从南向北渐次缩小，而殿宇则依次升高。形成“正殿高大而重院深藏”的格局，巍峨壮观，具有汉、满、蒙、藏民族的特色。
雍和宫南院伫立着三座高大碑楼、一座巨大影壁和一对石狮。过牌楼，有方砖砌成的绿荫甬道，俗名辇道。往北便是雍和宫大门昭泰门，内两侧是钟鼓楼，外部回廊，富丽庄严，别处罕见。鼓楼旁，有一口重八吨的昔日熬腊八粥的大铜锅，十分引人注目。往北，有八角碑亭，内有乾隆御制碑文，陈述雍和宫宫改庙的历史渊源，以汉、藏、满、蒙四种文字书写，分颗于左右碑。
雍和宫全景两碑亭之间，便是雍和门，上悬乾隆皇帝手书“雍和门”大匾，相当于汉传佛教的山门、天王殿。殿前的青铜狮子，造型生动。殿内正中金漆雕龙宝座上，坐着笑容可掬、袒胸露腹的弥勒菩萨塑像。大殿两侧，东西相对而立的是泥金彩塑四大天王。天王脚踏鬼怪，表明天王镇压邪魔、慈护天下的职责和功德。弥勒塑像后面，是脚踩浮云，戴盔披甲的护法神将韦驮。
出雍和门，院中依次有铜鼎、御碑亭、铜须弥山、嘛呢杆和主殿雍和宫。主殿原名银安殿，是当初雍亲王接见文武官员的场所，改建喇嘛庙后，相当于一般寺院的大雄宝殿。殿内正北供三尊高近两米的铜质三世佛像。三世佛像有两组：一组是中为娑婆世界释迦牟尼佛，左为东方世界药师佛。右为西方世界阿弥陀佛。这是空间世界的三世佛，表示到处皆有佛。空间为横向，所以又叫横三世佛。各地大雄宝殿供三世佛的，多为横三世佛。雍和宫大殿的三世佛则表示过去、现在和未来的时间流程，说明无时不有佛，即中为现在佛释迦牟尼佛，左为过去佛燃灯佛，右为未来佛弥勒佛。空间为宇，时间为宙，意为宇宙无处不佛。正殿东北角供铜观世音立像，西北角供铜弥勒立像。两面山墙前的宝座上端坐着十八罗汉。大殿前院中两庑是“四学殿”。
出雍和宫大殿，便是永佑殿，单檐歇山顶，“明五暗十”构造，即外面看是五间房子，实际上是两个五间合并在一起改建而成的。永佑殿在王府时代，是雍亲王的书房和寝殿。后成为清朝供先帝的影堂。永佑是永远保佑先帝亡灵之意。殿内正中莲花宝座上，是三尊高2．35米的佛像，系檀木雕制，中为无量寿佛(即阿弥陀佛)，左为药师佛，右为狮吼佛。出永佑殿，便到法轮殿。左右两侧为班禅楼和戒台楼。法轮殿平面呈十字形，殿顶上建有5座天窗式的暗楼，有5座铜质鎏金宝塔，为藏族传统建筑形式。法轮殿是汉藏文化交融的结晶。殿内正中巨大的莲花台上端坐一尊高6．1米的铜制佛像，面带微笑，是藏传佛教黄教的创始人宗喀巴大师。这尊铜像塑于1924东牌楼为“慈隆宝叶”、“四衢净辟”年，耗资20万银元，历时两年才完成。宗喀巴像背后，是被誉为雍和宫木雕三绝之一的五百罗汉山，高近5米，长3．5米，厚30厘米，全部由紫檀木精细雕镂而成。五百罗汉山前有一金丝楠木雕成的木盆，据说当年乾隆帝呱呱坠地后三天，曾用此盆洗澡，俗名“洗三盆”。
出法轮殿，便是高25米，飞檐三重的万福阁。其两旁是永康阁和延绥阁。两座楼阁有飞廊连接，峥嵘崔嵬，宛如仙宫楼阙，具有辽金时代的建筑风格。万福阁内巍然矗立一尊迈达拉佛(弥勒佛)，高18米，地下埋入8米。佛身宽8米，是由六世达赖喇嘛的进贡礼品，用整棵名贵的白檀香木雕成。据说乾隆帝为雕刻大佛，用银达8万余两。这尊大佛也是雍和宫木雕三绝之一。还有一尊木雕三绝在万佛阁前东配殿照佛楼内，名金丝楠木佛龛，采用透雕手法，共有99条云龙，条条栩栩如生。
