难点一：依据老照片恢复民国样貌
历时5年搜集原始资料和照片，并经专家们8次修改复建方案，南塔的修复方案最终完成。因复建南塔为全国复建古塔首例，没有图纸，也没有任何经验可寻，唯一的依据就是几张老照片。
新修复的南塔按照1901年至1923年时的原貌照片留存下来的十一层密檐式砖塔的原样、原大小复建。以原规格的青石等材料修复，而在防水、防渗、防震、防火等方面结合了现代技术，从工艺上看远高于古代。
难点二:搭建“空中跑道”运输建材
对南塔进行复建的大龙建设集团古建队，曾经负责过太庙、端门、颐和园、西什库教堂等多处著名古建的修复工程。复建方负责人表示，与颐和园一类的古建相比，南塔的复建工程存在难点。比如，房山本地并不出产修复南塔所需要的特制青砖，因此所有的建筑材料都将从北京其他地区以及河北等特供皇家建筑砖的厂家特别定制采购，在当地烧制完成后，再运往云居寺。
此外，隐居在房山大山中的云居寺，运输起材料来十分不便。为此，在复建时特别沿着云居寺的南侧外墙，凌空搭建一个高达15米、长145米的“空中跑道”，从云居寺大门外的停车场直达南塔塔基处。用木材等材料搭建的“空中跑道”上可容纳两辆运输材料的手推车并行，专门负责运输复建材料和供工人行走。这样，就既能够将大批沉重的石材、砖材运进寺庙，又不会影响游客从云居寺正门进入正常参观。
难点三:地宫出裂缝致复建多拖3年
与南塔同时复建的，还有面积约2.4平方米、1人左右高矮的塔下地宫。记者了解到，云居寺已经将一尊汉白玉释迦牟尼像、景德镇烧制的南塔和北塔瓷质模型、南塔复制的全部图纸等宝贝一同装藏在地宫中，永久保存。
云居寺外联发展部科长李超告诉记者，南塔从2009年9月9日起开工复建，原定2011年3月1日竣工，但由于承重问题没有考虑周全，导致复建到一半时，不堪重负的地宫竟然出现了裂缝。专家们重新对方案进行调整和论证，并制定新方案对裂缝进行修复。原计划花费570万元就能修复完成，结果最终花费了将近700万元，多拖了3年多才正式复建完成。
【新闻词条】:云居寺南塔
云居寺南塔原名为“释迦佛舍利塔”，始建于辽天庆七年（公元1117年），举高六十余尺，十三层密檐，砖结构，每层檐梢都悬挂着铜铃。南塔与寺内的北塔交相呼应，形成了云居寺独特的建筑风格。
可惜的是，1942年抗战期间，南塔毁于侵华日军的炮火，只留下八角形塔基和残缺不全的塔下地宫仍存。南塔倒塌后，曾脱落下来一块碑记，专家们根据碑文，在塔前几米处的地宫发掘出了10082块辽、金时期的石经。
