真言宗念珠十分特别，不单止形态特别，而且每一部份有名称，有代表及象徵，不同手法的运用，产生不同的效应。
举例，如果要祈求心愿达方，可「擦珠」。擦珠是改运的方法。
真言宗念珠的正名称为「数珠」。
用来计算数目的手珠总共有108粒，代表108个烦恼。人生苦难有108个烦恼。
但任何有很多烦恼的人，你叫他将烦恼写下来，无论怎样写，也写不出108个。因此，你不是世间最苦的人。
当我们每次念咒的时候，手按著一粒珠，代表将108个烦恼，通过经文转化为菩提。这条将108个烦恼串成的内绳，代表观世音菩萨。
根据「金刚顶瑜伽念诵经」记载，数珠以108粒最为殊胜，另外又分为半连(54粒)、四半连(27粒)或18粒等，方便携带。
在108粒数珠中，分为母珠和主珠。母珠又名亲珠，左右两边称为主珠，各有54粒，中间有四天珠，代表四大天王及四大菩萨。
四大王是持国天、增长天、广目天及多闻天。
四大菩萨是文殊、普贤、观音及弥勒。另外有一种说法，四大佛是弥陀、宝生、阿閦及不空成就。
在数珠上，这四粒四天珠是不念经的，即是念到此珠时，会跳到下一颗才念。
母珠称为「达磨」，梵语解作「法」，代表宇宙的真理。在真言宗的演绎，母珠代表无量寿无量光的阿弥陀如来，代表无限的圣爱。子珠代表金刚界最高最胜的菩萨位。
在母珠上有一粒小小的佛珠叫做「净名」，通常拿起数珠，是用风空(食指及拇指)二指拿起这净名珠，将整条念珠拿起来。净珠代表如来的后继者。
净名珠下有10粒小珠，代表弟子珠，又名弟子泪，代表十大弟子，亦代表十波罗蜜多。
这个「弟子泪」称号是纪念佛祖涅盘的弟子泪水。
在弟子珠的另一边，也有10粒珠。当念完108次便下一粒，十个108次便是1080次，於是在弟子珠上退下一粒，到最后十粒弟子珠退下来，即是持咒了10800次。
108颗的念珠一边54颗，中间母珠留绪。母珠称为达磨(Dharma)。达磨是梵语译为法；约表无量寿佛说法之德。二母珠称为两达磨，一母珠称为片达磨。
各珠之间贯串之绪，表观自在菩萨之德，亦即真言行人所观之法，观达自在。百八颗表百八烦恼，又配金刚界百八尊。母珠与绪止间有54颗，表佛道修行的阶梯有五十四位，本有修生合并成百八颗。其数是意味修生门修生之德，一一断惑证理，五十四位之终极是佛果。本有门五十四位，意味本有修行之德，修生之极必生化他门的作业。
母珠和绪止均附有更小的10颗珠，此是作为记子用。又表十波罗蜜，即檀、戒、忍、进、禅、慧六波罗蜜外，加上方、愿、力、智四波罗蜜，是为菩萨共同之修行法。
母珠和十波罗蜜间，有一小珠是为补处弟子。弥陀补处是观自在菩萨或云观音。观音是意味一切众生之苦声能察之意。补处弟子，是下一位成佛者。
记子末二球，是福智二严，表佛陀因地修行福智圆满。福智二球，在绪止的为本有之德。母珠的为修生之德。左右各各54颗，其间均有二小珠，称为四亲近（或四天珠）。代表今阿弥陀如来的四亲近，为法、利、因、语四菩萨。
数珠的质地可分为菩提树子、星月菩提、水晶、莲子、香木等，还有最普通入俗又可爱的日本珠。
佛教真言宗念珠的编织方式，为唐朝时随着真言宗而传到日本。而中国大陆在「三武废佛」以及明朝尊崇道家、近代文化大革命之后，已经无人懂此技术。
日式念珠的特色，从「母珠」到「绪留」是用「一条线」逐渐加入丝线的方式从头编织到尾（表一真法界），并非像一般念珠用线穿过去而已，因此通常一天仅能编织二至三条。而因为编织技术佳，故一串念珠可以使用相当久的时间也不易松脱。
我们常见的念珠通常只有单母珠单流苏，而真言宗念珠是有双母珠与双流梳，刚拿上手时估计很多人都不知头尾如何分辨。
由于真言宗行法上比较特别所以修习真言宗行仪（如加持念珠）都需要用上真言宗特有念珠。
如法的念珠需要具备以下条件
1 双母珠，没边个双球或流苏
2 两边各结上不同的结以表两界曼荼罗
3 在代表金刚界结与母珠之间有一粒补漏珠，补漏珠以表行者未察觉悟继续精进
4 每一流苏个有5粒弟子珠和1粒泪珠，弟子珠用于记数
5 主珠一共108粒分2边每边个54粒
6 在补漏珠那边的主珠上有4粒比较细小的珠是四天王珠。分别在7与21位置加上，方便行者在行法时方便记认7遍跟21遍
