这种世俗心态反映了佛教文化的影响，“菩提子”其名见于唐代翻译的《校量数珠功德经》，因佛教创始人释迦牟尼在菩提树下悟道，世人多认为菩提子当然是菩提树结出的子实。
然而令人意外的是，菩提树所结出来的并非人们心目中的菩提子。正宗的菩提树（即据传当年佛祖打坐荫下悟道成佛的圣树、如今印度尊奉的国树），按现代植物分类属桑科榕属乔木，与平常水果无花果同科同属，菩提树所结的浆果如无花果般甜软且没有坚圆的壳核，无法成珠成串。这与佛经所赞为顶级数珠的菩提子全然两码事，历来也没有用这种果子做佛珠的。
若论有名有实的菩提子，而且名见典籍有根有据者，当首推“无患子”。即同名科目之同名乔木的种子。明代医圣李时珍于《本草纲目》记载：“无患子又名"木患子""菩提子"，并引据宋代药家之说释名：“释家取为数珠，故谓之菩提子。”可见早在明代以前，无患子就有菩提子的名号，并已作为佛珠菩提子广为采用。之所以如此，不得不说它天生就是这块料，“核坚正黑如瑿”“而正圆如珠”，锤击不破，耐用百年；更且夙结佛缘，有专题佛经予以论介。
译自晋代的《佛说木患子经》中记述：波流离王向佛求教如何脱离忧烦安心修行，佛陀告诉他说：“当贯木患子一百八，以常自随。”这里佛陀指名以木患子一百零八颗贯穿成串用来记数念佛，显然这正是“数珠”“念珠”的缘起。这里虽然没称之为菩提子，但作为最早的佛珠可以说是如来佛祖的指定品种，木患子即无患子理所当然就被佛教信众广为奉持，不仅其种子成为菩提子，甚至其树也被认作菩提树，如扬州、江南等地不少寺庙都是如此。
固然，无患子树与菩提树异科隔目，若将两者混同，在现代植物学上似讲不通。然而佛经并非讲植物学分类，而是讲境界讲信念。禅宗六祖高僧惠能的诗偈名句“菩提本无树”，不是说根本没有菩提树，而是说菩提树的根本不在物相，而在空灵的悟境。鉴于这种理念，菩提子应该就是（但不只是）无患子。明代高僧传灯法师在《天台山方外志》中对浙江天台山的菩提有传奇性记述：“相传谓西天梵僧游化于此，人得饭之，乃遗报此菩提树种。树如柿，花亦大同……秋社后取子为珠。十百中必有一二如罗汉者，谓之佛头。他处所产则无之。”无独有偶，北京也出了“故宫菩提”，同样富于传奇色彩的是，这生长在故宫中的菩提树据说是由达赖三世活佛由南海护送进京，由明万历帝的母亲李太后种于故宫慈宁宫英华殿前，并用这棵树所结的子作念珠。之后清乾隆帝对其情有独钟,又是请高僧开光加持，又是作诗歌感叹纪胜，并御书《英华殿菩提树诗》刻碑树间。
这南北两树来历、长相类同，都由高僧传自佛域圣境，其树叶都有菩提树特征性的细长“滴水线”。但又与正宗菩提树不同：都能结子长核，且种核坚实浑圆，上有黄白线纹，多为五条，故称“五线菩提”。据行家考究，其实两者同缘一脉，都是特定品种的椴树。因很像菩提树又适宜做佛珠，由于中国稍北的大部区域不适合原生于热带的菩提树生长，于是佛家就把椴树当作了菩提树。今天的日本、韩国仍奉椴树为菩提树。可谓事实上的汉化菩提。
如今，菩提子早已由佛门专用的法器，演化为既是佛家禅品，又是行家藏品，还是玩家赏品等的多功能文物，具有僧俗共识雅俗共赏的蕴意，加之出世入市的人气财气，是以蔚然成风。这充分说明，无论作为禅品，还是藏品、饰品，都应该有历史传统、人气影响等凝结的文化含量。哪怕作为玩件也是“文玩”，即“玩”出文化和意境。
