玄奘法师《大唐西域记》云： 菩提树者，即毕钵罗之树也，昔佛在世，高数百尺，屡经残伐，犹高四五丈，佛坐其下，成等正觉，因而谓之菩提树（梵bodhivrksa）焉。“菩提”为梵语“bodhi”的音译，意为“觉悟”。因而菩提树的果实被认为是佛家圣物。
佛经中所说的菩提子并非菩提树所结的果实，而是名字叫薏苡的草本植物，《校量数珠功德经》曰："若用菩提子为数珠者，或用掏念，或但手持数诵一遍，其福无量。见数珠条。案菩提子一名川谷，一年生草。所在有之，春生苗，茎高三四尺，叶如黍，开红白花作穗，夏秋之间结实，圆而色白，有坚壳，如珐琅质。俗用为念佛之数珠，故名菩提子。”
菩提子木本者为其别种，于《本草纲目》“木患子”条中，举出木患子之七种异名，其中之一即称菩提子。《校量数珠功德经》曰：“若用木患子为数珠者。诵掏一遍得福千倍。”
实际上，而现今，菩提子早已是一个通称了，总计有200-300种之多。不同植物的果实可以加工出同一种菩提，而同一种植物的果实做成的菩提子可能被冠以不同名字。寻根溯源，僧侣手中最初的菩提子竟是野生薏苡，而薏苡仁就是我们常吃的薏米。
主要有以"金刚”、“星月”、“凤眼”等为代表的东南亚热带坚果类植物种实；以及国内佛家传统所用的“草菩提”和“木患子”等，所谓“一草二木”。
