颜色
一般而言，紫晶和黄晶是黑水晶中价值较高的品种。两者进一步的分级是据其颜色的深浅，颜色较深的为A级，稍浅的为B级。一般颜色较深的价格高，但要以不深暗为标准。颜色包括两种，一种是黑水晶本身的颜色，另一种是内部包裹体的颜色。黑水晶本身的颜色要艳丽、纯正，分布要均匀，不能太深或太浅，如澳州玉、蓝玉髓、紫晶、黄黑水晶，其价格就高。无色的黑水晶内含包裹体的颜色艳丽，其价格也高，如钛晶、绿幽灵、红兔毛。紫黑水晶一般以稍有云状物、颜色深紫、晶体通透的为上品。
透明度
按照透明度指标，黑水晶越透明，价格越高，好的透明的黑水晶加工出的成品晶莹剔透、光辉耀眼。透明度高的黑水晶能提升颜色的艳丽，否则显得呆板无灵性。光学黑水晶要求全透明、无双晶、无杂质。工艺黑水晶要求透明、少裂、少瑕疵。熔炼黑水晶要求透明，可有较多裂纹。三者价值依次降低，熔炼黑水晶只能作为熔炼黑水晶玻璃的原料。在工艺黑水晶中，晶体较大的，可用来做黑水晶眼镜和雕刻高档工艺品，因而价格较高。
净度
无色黑水晶以晶莹美丽、洁净透明着称。衡量无色黑水晶主要看它的纯度，越纯、越透明越好。干净的、无瑕疵的、杂质少的价值就高。无色的黑水晶如果很脏，就没有利用价值。
质地
杂质、裂纹越少越好。质地好的黑水晶制品，应看不到星点状、云雾状和絮状分布的气液包裹体或组成玉石的颗粒。有裂纹、斑点，则属于次品。
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