作为近代金陵刻经处之开创者，晚清居士佛教之“第一导师”杨仁山，以儒释道三教同源为前提，对孔子和颜回大力赞赏，而对孟子及宋儒则有所批评。实际上，这些思想观念自今日观之，具有以国学方式来复兴佛教的意义，把佛教与国学予以紧密地联系起来。
杨仁山被尊为中国近代佛教的先行者和振兴者，不但以其创办金陵刻经处的弘法事业而闻名于世，其精印、广为流通佛经、创办“祇洹精舍”培育佛教人才、为推动近代中国佛教的复兴起到了极为重要的作用。更加重要的是，杨仁山的以其金陵刻经处及其讲学论道的方式，建构了近代中国居士佛教的基本格局，从而使“居士佛教”系统成为近代中国社会文化的重要层面。
在大乘佛教精神鼓舞下，杨仁山第一次提出了“佛教兴国论”。正是基于他的“佛教兴国论”，他在《观未来》一文中指出：“世间治乱，莫能预知，然自冷眼人观之，则有可以逆料者，且就目前世界论之，支那之衰坏极矣！有志之士，热肠百转，痛其江河日下，不能振兴。然揣度形势，不出百年，必与欧美诸国并驾齐驱，何则？人心之趋向，可为左券也。不变法不能自存。既变法矣，不至登峰造极不止也。”接着，他用佛学的观点，以问答的形式，阐明了“坏极而兴”的道理，旨在唤起同胞的觉醒。同时，又指出西方“号为文明之国者，全仗法律钳制，人心始能帖然”。其专志弘扬佛法，目的却是在于拯救人心与世界。
金陵刻经处门前，还看到门上挂着一块牌子，上书“谭嗣同著书处”。梁启超在《戊戌政变记》中说，甲午战争后，谭嗣同从长沙到上海、北京等地拜访康有为而不得，遂遵从父命，在南京捐了个候补知府。这时，“金陵有居士杨文会者，博览教乘，熟于佛故，以流通经典为己任。君（谭嗣同）时时与之游。因得遍窥三藏，所得日益精深。其学术宗旨，大端见于《仁学》一书”。梁还说：谭“需次金陵一年，闭户养心读书，冥探孔佛之精奥，会通群哲之心法，衍绎南海之宗旨，成《仁学》一书。又时时至上海与同志商量学术，讨论天下事，未尝与俗吏一相接。”难怪谭嗣同也有“作吏一年，无异入山”的感慨。从此叙述不难看出，杨仁山对谭嗣同思想的影响有多么的重要。事后梁启超能够写出“佛教有益于群治”、“佛教是智信而不是迷信”的观念，也应当与此具有深层的关联。
仁山居士因读《大乘起信论》而入佛门，一生对此论推崇备至。他不仅坚信此论为马鸣菩萨所作，而且认为华严宗的学说可追溯到龙树、马鸣，因而创建“马鸣宗”，推广这两位大菩萨的学说。与此同时，杨仁山居士对净土法门有极为深入的研究和独到的见解。他强调，净土法门应以观想、持名兼修为上，以三经一论为津梁。然而，杨仁山居士的佛教信仰尽管提倡“教宗贤首，行在弥陀”，但却主张八宗兼弘，培养出一大批卓越的佛学人才：谭嗣同专于华严，桂伯华精于密宗，黎端甫善于三论，章太炎、谢无量、梅光羲、李证刚、欧阳竟无均擅长于法相唯识。在杨仁山居士主持下的金陵刻经处，不拘一宗一派，特别是杨仁山居士通过南条文雄从日本寻回中国宋元以后失传的隋唐古德著述三百多种，择其精要刻印流通，使三论宗、唯识学等宗派均能得以复明旧义、宗旨重光、绝学恢复，近代中国佛教也从此走上各大宗派全面复兴之路。此类复兴佛教的观念，实在是出自于近代新学者的视野与胸怀。
祇洹精舍虽只办了短短的两年，但其标志着新式佛教教育制度、现代僧教育的开端，其采用的新式学校式的佛学教育，而非以往宗门授受的丛林制度。这就建构了“新学者”与“真信仰”之间深刻的内在关系。没有前者，恐怕就没有后者，更没有近代佛教之革命。
杨仁山居士1911年逝世后，欧阳渐受嘱主持金陵刻经处。欧阳不负重望，和吕澂等人于1922年创办“支那内学院”，实为近代佛教新学者产物。其与太虚大师创办的武昌佛学院，成为近代佛学教育的两大重镇，对中国近现代佛教教育、学术研究产生了巨大影响。赵朴初因而有如下评价:“近代佛教昌明，义学振兴，居士之功居首”。
当时在金陵刻经处的就学者虽只有十数人，却为中国近代佛教、近代新学种下了革新的种子、学术的底色，同时也为居士佛学的再度振兴打下了深厚的基础，为中国新学、佛教文化的研究开辟了一条通向现代化的道路。这些学者也多成为其后50年佛学界的领袖或俊才英杰。
梁启超在《清代学术概论》中说：“前清佛学极衰微，高僧已不多；即有，亦于思想界无关系”；但是后来却出现了龚自珍、魏源和杨文会等一代宗师。所以他认为佛学是晚清思想界的一条“伏流”。梁之所以把杨仁山与龚自珍、魏源相提并论，是基于以下的判断：杨“文会深通‘法相’、‘华严’两宗，而以‘净土’教学者。学者渐敬信之”。值得注意的是，这些学者除了杨的早期弟子谭嗣同之外，主要有康有为、梁启超、章炳麟等人，“故晚清所谓新学家者，殆无一不与佛学有关系，而凡有真信仰者率皈依文会”。从这些评价中不仅可以看出杨氏在晚清思想史、学术史上的地位，也可以看出梁启超所谓“佛教本非厌世，本非消极，然真学佛而真能赴以积极精神者”，谭嗣同外，杨仁山也可以算是一个。以往讨论杨仁山、近代佛教革命往往局限于或偏向于佛教的复兴，但却忽略了近代新学与佛教革命的互动关系、相辅相成的社会机制，以为佛教就是佛教而已。
可以说，杨仁山开创的“新学者”与“真信仰”之互动机制、双重建构的方法与理论，即把近代佛教的复兴、真信仰的建构同时视为近代新学运动的一个主体、一个主流，把佛教思想及其学术研究置于近代新学的运动与思想潮流之中。
正因如此，居士佛教、新学者、真信仰、佛教救国论、佛教的群治观念、佛教是智信而非迷信、佛家学说中如“平等”、“无常”、“无我”等观念的倡导，能够渊源于杨仁山，能够出自于太虚的佛教革命思想，远非当下佛教界局限于心性清净、茶禅一味所能想象的事情。
