明清时代花馍已经盛行，一般认为至少有1000多年的历史了。而从敦煌宗教文献来看，花馍的宗教起源应该更早。1997年，日本友人青山庆示将收藏的8件敦煌写卷，捐赠给甘肃敦煌研究院。其中，《佛图澄所化经》的内容为灾难预警的劝谕传贴，里面涉及的“龙虎蛇饼”尤其值得注意。佛图澄确有其人，是五胡十六国时期后赵的著名神僧。按照梁代《高僧传》记载，佛图澄是西域人，在罽宾学习佛法，公元310年来到中国弘法。后世关于佛图澄的传说很多，敦煌莫高窟的壁画中也有体现。如初唐323窟北壁东侧中部，有描绘佛图澄的许多神异故事。
《佛图澄所化经》大体分为3个部分。首先是记述了东晋时代的和平四年（357年）正月初一，河内郡温县刘起之等15人入山砍柴，遇大风迷路。天晴后，从空中飞来一鸿鹄，落地化为一老人，自称佛图澄。第二部分是佛图澄向人们言说灾难：泰山东门崩，鬼卒将抓大批男女去修理东门，此后还要流行瘟疫，十死九亡。第三部分是众人听从佛图澄的劝导避难，第一是要做龙虎蛇饼（将面食做成龙虎等形状），人各持七枚食之，并一日一夜转经行道；第二是要抄写经文传贴，用布包在肘后，鬼不敢近。
《佛图澄所化经》中提到的龙虎蛇饼，即是现在我国西北地区广为流行的花馍的雏形。花馍创作在我国有着悠久的历史，但古代文献记载颇为罕见，《佛图澄所化经》为我国西北地区花馍的历史形态留下了宝贵的文献资料。该经文中提到，为了躲避灾难瘟疫，佛图澄告诫众人：“汝急作福，可得度世，三家五家，随村大小，共作龙虎舌（蛇）饼，人各持七枚食之，一日一夜转经行道，可得度世。期（其）诽谤不信受者，受（寿）终致恶，必作，病厄右七月八月，想难可度世。”从这段文字中，可以看出花馍制作的宗教性。从《佛图澄所化经》可以看出，魏晋南北朝中后期，我国北方民众制作花馍有重要的宗教性含义——为了祈福消灾。现今，我国西北不少地区仍然保留着食用花馍可以祈福消灾的风俗遗迹。
花馍制作具有民俗时令性。经文中，佛图澄是农历正月初一告诫民众“汝急作福”。可见，制作花馍的时间是一年的年初。若在年初春季未作花馍，过七八月有灾难发生。这说明现今西北人花馍迎春的习俗，在魏晋南北朝中后期就已经具备雏形了。
花馍制作具有集体性。制作花馍必须聚集全村民众共同参与，“三家五家，随村大小”，是集体性的食品制作加工与聚餐行为。花馍制作具有工艺性。如果按照现今流行的花馍制作工艺的贴花型、变体型、插花型的分类来看，魏晋南北朝中后期的北方花馍，可能更近似于“贴花型”或“变体型”，即花馍选取龙、虎、蛇等动物为模拟对象。至于是做成类似浮雕的“贴花型”，还是捏成动物形态的“变体型”，目前还很难判定。但从“人各持七枚食之”来看，当时的花馍体量应该不大。否则，一个人不可能吃7个花馍。由此可以判定，当时尚未出现富丽堂皇的一个大馒头上插若干小面花、乃至好几层的“插花型”花馍制作工艺。
花馍又被成为礼馍，学界常将花馍视为古代金石礼物的替代品，是远古图腾崇拜的产物。而中国本土出现的佛教伪经《佛图澄所化经》，虽然带有浓郁的中国本土元素，但无疑将我国的花馍文化植入了佛教的因子。佛教自两汉之际，经丝绸之路，从印度经过中亚传入我国，到魏晋南北朝，已经有数百年的发展历史。不仅对中国本土上层知识分子的哲学思想有着深刻的影响，也与下层民众社会产生了广泛的互动。我国西北是佛教从陆路传入中国的必经之地，佛教在民众中有广泛的影响力，中国本土的花馍文化受到外来的佛教观念的影响，花馍消灾祈福的寓意得到重新诠释与加强，这对花馍食品在北方地区的进一步流行，花馍食品作为民众集体性民俗活动中时令食品地位的巩固，以及花馍制作中模拟对象的选择与确定、工艺的创新与完善，无疑都具有潜移默化的作用。
随着汉代开通丝绸之路，中印文化的深入交流，为中国传统的花馍食品的普及和发展、创新，带来了有力的条件。从这个意义上说，经佛教文化重新诠释的“花馍”——龙虎蛇饼，是丝绸之路中外文化交流的创新产品。
