特别是元代“修佛事”的记录比比皆是。如《元史》载：“至治元年(1321)春正月丁丑，修佛事于文德殿。”元黄渊《圣墩顺济祖庙新建蕃厘殿记》记载：“湄洲故家有祠，即姑射神人之处子也。泉南、楚越、淮浙、川峡、海岛，在奉尝，即普陀大士之千亿化身也。”将妈祖第一次赋予佛教中观音之角色。《元史》卷云十五《河渠志》：“文宗天历元年(1328)十一月，都水庸田司言：‘八月十日至十九日，正当大汛，潮势不高，风平水稳。十四日，祈请天妃入庙，自本州岳庙乘海北护岸鳞鳞相接。”
由于元代这种兼容并重的宗教政策，为妈祖文化与佛教文化的结合造就了机缘。明代《三教搜神大全》中《天妃娘娘》中就有不少佛典故事。如：“母陈氏尝梦南海观音与以优钵花吞之，已而孕，十四月免(娩)身，得妃……异香闻里许，经旬不散。幼而颖异，甫周岁在襁褓中见诸神像，又手作欲拜状，五岁能诵观音经。”
汉族民间中也有传说妈祖母亲梦中吃了南海观音的“优钵花”而怀孕。观音本是佛国菩萨之首，原名观世音，唐时因避讳李世民的“世”字而称观音。“观世音”之意，是说尘间的芸芸众生在危险之时，观音会普渡众生的幸福。妈祖也是如此，“元朝，每岁漕运经涉海洋，当惊风怒涛，仓卒无措之庥，楫上柂师叫号灵妃，廷颈俟命，忽桅樯之颠有绛炬木妻集，则神至而无虞矣”(明卢熊《灵慈宫》)。这些故事与观音救人的故事极为相似。《七修夹稿》中云：“舟将覆矣，举船大呼天妃，但见火光烛船，船即少宁，明日有粉蝶绕舟飞，不去。黄雀立柁楼食米，顷刻风又作，舟行如飞，彻晓至闽，午后入定海也，神实不可掩也。”类似故事太多，大都说明妈祖显灵先兆的出现有“红灯”、“红火”、“神鸟”、“黄雀”、“粉蝶”等等，这些都与观音显身大有相似。难怪有人称妈祖为“南海女神”。
以上这些包蕴着佛教文化的妈祖传说，大都出于元代及以后的明清时代。也就是说妈祖文化随着元代漕运发展一百多年后才逐渐形成的。
说到“忠”，自然离不开“孝”。“孝”是儒家伦理的集中表现。《天后圣母幽明普度真经》也提到“子臣弟友、忠孝节义”思想。文中有“为子尽孝，为弟尽悌，行动天地，德通神明，善之至也”，认为只有孝敬双亲，尊敬长辈，爱老扶幼、矜孤恤寡，谦良恭让，才算达到道德的标准。在妈祖传说中，“伏机救父”的故事，也正是突出“孝”德这一主题。
在《天上圣母经》中有许多“忠、孝、节、义、信”之内容，如有“孝父母，守伦规”、“一等人，忠烈士，曰成仁，曰成义”，“求忠臣，宜孝子，克孝人”，“三从训，四德备”，“廉说尽，讲节义”、“百善行，孝为先”等等。这些无疑是中华民族的传统美德之一，成为妈祖文化中的一个组成部分，具有一定的社会意义和现实意义。
