从外在的因素来讲，书院在宋代的兴盛要归因于儒家与佛教的“明争暗斗”，或当时佛教的繁荣对儒士的刺激。佛教在两汉之际传入后，经过与儒道文化的不断磨合，至唐代，已经发展出具有中国特色的佛教文化，并因统治者的大力提倡而极为盛行。直至宋代，颇有一种“佛寺遍天下”的局势。相较而言，传统儒学则形色暗淡，一改往昔占据文化主流的局面。基于强烈的忧患意识，一批儒学家希望重新阐释和再造儒学经典，复兴儒学以与佛教相抗衡。因此，书院就与佛教寺院相对应，成为理学家们再造和传播儒家思想的阵地。如理学大家朱熹就是在这样的情形下创立了中国古代有名的四大书院之一———白鹿洞书院。正是宋代佛教的大力发展和统治者的提倡刺激了儒学家，争取教育阵地、重振儒学思想成为他们创建或修建书院的初衷，这直接推动了书院在宋代发展至鼎盛。
然而，事实表明，佛教自传入以来，就与一批批的儒学名士产生了不解之缘，其对儒学的影响也可谓深入骨髓，理学正是在“援佛入儒”的基础上形成的。对此，那些为了坚守自己的文化阵地、对佛教表现出种种不满和厌恶的理学大家也不可否认。其在与佛教做顽强对抗的同时，也深受佛教思想的影响和熏陶。这深刻地体现在其建立书院和发展书院教育的一系列活动中，主要表现为书院的选址、管理制度、教育方式等各个方面。
书院多建于山水胜地，其或是受佛教影响选址于此，或是直接由佛教寺院修建而来。佛教初传入时，受统治者的支持，寺院多建于都市之中，但也一直不乏隐居山林者，尤其是修习禅定者。至隋唐时期，佛教进一步繁荣，甚至形成“八宗并弘”的局面。其中，禅宗作为中国佛教的代表更是兴盛，其引领了佛教于山林胜地中建立寺院、修习禅定、讲经授法的传统，“天下名山僧占多”便源于此。据载，在唐末动荡的五代十国时期，不少读书之人前往寺院清幽之地，“聚读山林，蔚为时风”，书院的正式形成似乎便源于此。受此影响，宋代书院在选址时，也多选择环境清幽、山林优美之地，以利于“存心养性”、“潜思进学”。还有些书院就是直接由寺院修建或扩建而来，如至今尚存的岳麓山书院。其历史渊源要从唐末五代时期，寺院接纳文人学士借宿寺院说起。据南宋理宗时岳麓书院副山长欧阳守道的《赠了敬序》记载，当时僧人智璇等“念唐末五季湖南偏僻，风化陵夷，习俗暴恶，思见儒者之道，乃割地建屋，以居士类。”北宋开宝九年（976年），潭州太守朱洞在此基础上对其进行进一步扩建，建立了千古流芳的岳麓书院。当然，也有一部分书院是从佛教那里“争夺”而来，如南宋时成立的泉山书院，在宋代时本为佛教天宁寺，因知县赵瑶反感泉州人不重理学却祀佛老，遂强行将天宁寺迁往它处，改建泉山书院祀奉朱熹。
书院的学规和管理体制多在禅林清规的刺激下而产生。一方面，书院制订学规的做法始于唐宋时期，在这之前，无论官学还是私学，都未曾出现过关于学生的生活、学习、学校管理等的规约制度。而这种做法的出现，想必并非偶然。反观当时佛教，中唐时期怀海禅师制订了“百丈清规”，宋仁宗时出现了宗赜的《禅苑清规》。其中，对僧人出家及出家后的生活、学习、修行，以及寺院的管理制度等都作了详细规定，这大概对各地书院开始制订学规有所启发。另一方面，在后出的较为完善的学规中，有不少内容留有受禅林清规印象的痕迹。据载，朱熹在与陆子寿商量制订小学学规时，曾明确指出：“只做禅林清规亦自好。”对比当时比较典型、完善的学规——《程董二先生学则》与《禅林清规》，也可发现二者多处相似的条文和相同的精神实质。在管理体制方面，学院受清规的影响则更为明显。寺院里设有长老、首座、殿主、藏主、庄主、典座等，各司其职，这给书院管理提供了很好的参考。据《白鹿洞志》记载，其职事设置有主洞（院长）、副讲、堂长、管干等，大致都与寺院丛林里的职事设置相对应，分工明确，形成了一套完善的管理体制，一改以往官学、私学掌教者集教学、管理于一身、组织松散的局面。
由于许多理学大家本身就曾师从禅师，就学于寺院之中，其在创办书院后，在教学方式和风格方面，也自觉不自觉地受到了寺院教育的影响。这体现在多个方面，如书院的开讲仪式和升堂讲说。在寺院里，讲学之前，按照佛典的规定，需要敬礼佛、法、僧三宝。儒家讲学并无此举，但书院兴盛之后，这类仪式也开始形成，即开讲之前，须由山长、副讲等带领学生到大成殿向“先师”神位四拜。然后，才能“登讲席、三肃揖、鸣讲鼓”，开始正式的讲课，其做法及步骤都与佛教的开讲仪式有着惊人的相似之处。另外，最值得一提的是书院受佛教教学影响而形成的“会讲”制度。佛教教学历来崇尚自由之风，它不仅一直保留着游方参学的传统，鼓励僧人游学四方，相互切磋交流、增长学识，还很重视讲堂上的发难。如都讲和法师一样，在讲学时都要升高座，其重要职责质疑，便是向法师质疑问难。除了都讲之外，任何僧众都可以发问责难，并有专门规定，即使面对“恶音问难”，法师也“当行忍辱”，尽量回答。除了正式的讲经，寺院之中也存在“普说”与“普茶”的形式，即就出现的问题随时展开的讨论。这些自由轻松的教学形式给书院教学以很大的启示，宋代书院一改以往官学的呆板之风，大大加强了师生之间、书院之间的切磋交流，并在此基础上形成了“会讲”制度。会讲类似于今天的学术交流会议，历史上最有名的一次会讲就是朱熹与二陆（陆九渊、陆九龄）围绕“心学”展开的“鹅湖之会”。
作为中国古代特有的一种教育组织形式，书院的发展在宋代达到顶峰，并对宋代的社会生活和文化教育产生了广泛的影响。可惜的是，至明清时，书院发展几经挫折，宋代时崇尚自由、风气开放的书院文化荡然无存，终在庚子新政后完全退出历史舞台。近年来，随着复兴传统文化、弘扬国学这一潮流的兴起，一批新的书院应运而生。值得注意的是，其中有相当一部分书院存在于一些有名的寺院之中，其与历史上的书院不尽相同，不仅主动承担起弘扬国学的重任，也将书画、围棋、禅茶等重要的中华文化遗产保留下来，为传播传统文化、提高民众素养、促进当代文化建设贡献一己之力。
