宋代政府十分重视医药，不但组织人员整理了大量的医学古籍，还组织编纂了许多大型方书。赵宋王朝组织编纂的第一部大型方书《太平圣惠方》中，有大量的方剂用到了香药，甚至有些方剂还是以香药命名的，如乳香丸、沉香散、木香散等。宋代太医局所属药局的成药处方配本《太平惠民和剂局方》中，也有大量以香药命名的方剂。其中“苏合香丸”作为中医芳香开窍的著名代表方剂之一，有芳香开窍、行气止痛之功效，可用于中风、中暑、痰厥昏迷、心胃气痛以及各种急性传染病、结核病、瘀血疼痛等症。沈括在《梦溪笔谈》中甚至说，苏合香丸当时几乎成了百姓家中必备药，如果赶上瘟疫暴发，服用此药效果更好，可以预防传染病。在现代，苏合香丸能够提高急重症存活率，一直深受临床一线医务人员的重视。
不仅是官方编纂的方书，在宋代，私人编纂的方书也经常见到香药的应用。如宋代严用和编纂的《济生方》中的四磨饮，以人参、槟榔、沉香、天台乌药四味入方，可治疗七情感伤、上气喘急、胸膈不快、烦闷不食等症。
在香药的治法上，宋代大量地记载了各种香药疗法：如直接内服法、以酒调下法、嗅香法、佩香法、燃香法、熏香法等。宋人创造了如此多的疗法，临床应用自然也就多起来了。正因为宋代香药的大量应用，使我国中医学中的芳香化湿理气、避秽开窍、止痛活血等治疗方法日趋完善。
然而，过量应用芳香药物也是有害处的，因为香药大多有着燥热之性，不仔细辨证就贸然应用香药会导致病情缠绵不愈或者加重，甚至威胁生命，我国古代医家也意识到了这一点。北宋医家钱乙在《小儿药证直诀》中指出，过食辛辣香燥之品会伤阴。金元四大家之一的刘完素在对《内经》进行了大量研究的基础上，指出《太平惠民和剂局方》用药过于燥热，他反对不经辨证，直接应用《太平惠民和剂局方》中的药方，提出了“火热论”的观点，主张用清凉解毒的方剂。
当然，这并不代表香药用于临床就不科学，而是因为没有进行辨证就贸然使用药物本身就是违背中医学辨证论治原则的做法。总之，宋代在香文化发展史及其医学临床历史上还是有着重要的积极意义。
而在之后的几百年中，香药在中医学中也继续发挥着自己的作用，直到现在，中医学也离不开香药，香文化和中医香药一直都在互相推动着发展和普及。
