沉香自古以来除做为香材及熏香外，最重要的是它的药用疗效，十八九世纪欧洲人进入东南亚，及中国大量收集沉香，曾一度为痛风与风湿关节炎的特效药而大大宣传。
沉香有通关开窍、畅通气脉、养生治病等神奇功效，历来是一味重要的药材，中医典籍的相关记述甚多，如《本草备要》谓之“能下气而坠痰涎，能降亦能升，气香入脾，故能理诸气而调中，其色黑。体阳，故入右臂命门，暖精助阳，行气不伤气，温中不助火。”在主治方面，《本草备要》记载：“心腹疼痛，噤口毒痢，征癖邪恶，冷风麻瘅，气痢气淋。”
《大明本草》谓之“调中补五脏，益精壮阳，暖腰膝，止转筋吐泻冷气；破征癖冷风麻痹，骨节不任风湿，皮肤发气痢。”《本草纲目》谓之“能冶上热下寒，气逆喘急，大肠虚闭，小便气淋，男子精冷。”
沉香的香气能行气理气，所以其主要的功效是祛除体内“恶气”，所谓杀精鬼气，因此沉香自然能调节体内气的运行，对身体上的肝、心、脾、胃、肾、肺部的疾病，都是极为重要的药材。
