沉香不仅香气典雅，还有通关开窍、畅通气脉、养生治病等神奇的功效，历来是一味重要的药材，中医典籍的相关记述也甚多，如《本草备要》谓之“能下气而坠痰涎，能降亦能升，气香入脾，故能理诸气而调中，其色黑。体阳，故入右臂命门，暖精助阳，行气不伤气，温中不助火。”《大明本草》谓之“调中补五脏，益精壮阳，暖腰膝，止转筋吐泻冷气”；《本草纲目》谓之能“冶上热下寒，气逆喘急，大肠虚闭，小便气淋，男子精冷。”
沉香不仅宜于熏燃，也可以研成粉末内服（外用还可治疗外伤并有镇痛作用），或以沉香片、沉香粉冲泡饮用，皆为传统的养生妙方。
用白木香的树脂制成的沉香药用价值极高，是我国沿用历史悠久的珍贵中药。沉香性辛，微温，无毒，具有行气镇痛、温中止呕、纳气平喘等功效，对于治疗腹胀、胃寒、肾虚、气喘有明显疗效，常用于治疗气逆胸满、喘急心绞痛、积痞、胃寒呕吐、霍乱、男子精冷、恶气恶疮等症。近代临床试验研究表明，沉香是胃癌特效药和很好的镇痛药。自古以来，沉香通常被加工成传统中药饮片，如：沉香粉、沉香饮片、沉香曲等。中医大夫用沉香组方治疗病症，被用于消化、呼吸、心脑血管、风湿、肿瘤以及外、妇、儿、男、五官、皮肤等科的疾病，还用于芳香疗法和燃香法。尤其对消化系统的疾病，沉香的应用非常广泛，大部分药都用沉香。
目前，以沉香组方配伍的中成药超过160多种，如沉香化滞丸、沉香养胃丸、沉香化气丸、八味沉香片等。近年来，随着社会经济的发展和人们生活水平的不断提高，人们对沉香的药用价值认识越来越深，产品需求量也进一步增加。除了药用，沉香保健品、日用品的开发也越来越多，如：沉香茶、沉香空气清新剂、沉香防晒霜、沉香牙膏、香皂及洗发精等等。在台湾，沉香还被用来增加酒类的香气。
