对于任何种类的宝石来说，净度指标直接关系到其美观程度和价值高低，彩色宝石也不例外。因此，消费者在选购时应着重考虑其净度指标。
据北京世纪金源珠宝城品.珠宝店创始人张军介绍，对宝石净度的评鉴，应主要从表面是否有瑕疵和内部是否有杂质两方面入手。其中，表面瑕疵包括切割师在打磨过程中留下的印记或因长期佩带而留下的摩擦痕迹。这些瑕疵属于表面印记，将宝石再次抛光打磨即可消除，并不影响对其净度的评鉴。内部杂质则是影响宝石净度指标的主要因素，包括洞痕、缺口、云状物、羽裂纹、手指纹、内含晶体、针状物、针点等。张军表示，宝石的内含物越多、越明显，其价值就越低。
据张军介绍，在彩色宝石业界，通常把宝石的净度分为一类、二类、三类共三个等级。
其中，一类净度的宝石用肉眼看不到杂质，代表品种有：绿柱石（绿色、黄色、粉色）、海蓝宝石、绿碧玺、蓝色锆石、金绿宝石（绿色、黄色）、坦桑石、水晶（茶水晶、黄水晶）、锂辉石（粉色、绿色）、托帕石（蓝色、黄色、橙色、粉红、红色），这些宝石颇受高端珠宝商的青睐；二类净度的宝石会有内含物且肉眼能够观察到，代表品种有：红宝石、蓝宝石、彩色蓝宝石、碧玺（蓝色、橙色、紫色、黄色、双色但不包括西瓜碧玺）、亚历山大变石、锆石（绿色、橙色、黄色、红色）、紫水晶、尖晶石（所有颜色）、橄榄石、堇青石；三类净度宝石的内含物较多且十分明显，代表品种有：祖母绿、碧玺（红色、粉色、西瓜碧玺）。
值得一提的是，尽管祖母绿宝石的净度没有那么高，但其却凭借着艳丽的翠绿色跻身顶级宝石行列，价格甚至超出其他种类净度好的宝石。
张军强调，每颗宝石内含物的性质、大小、数量、位置、颜色都不同，因此不能仅通过单纯的种类来确定等级。例如一颗宝石的内含物明显且位于中间部位，那么其价值就很低，因为这种瑕疵不便通过镶嵌等手段来掩盖。
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