凤眼菩提佛珠是藏传佛教极为推崇的佛珠品类之一，在藏传佛教中，菩提子佛珠即指凤眼菩提佛珠。凤眼菩提是菩提子的一种，非常稀少名贵，因芽眼如目，固称“凤眼菩提”，凤眼象征祥瑞，用凤眼菩提制成的佛珠是密宗修行者必不可少的法器之一。 打磨凤眼是通过用专用油和腊打磨其表面并且抛光后使其色泽更加鲜明，更加光亮，因其非常坚硬，所以历久不变，而且越来越富有光泽，颜色越来越深，并形成包浆，这样的凤眼菩提品质更高。

近代对于汉地影响最大一位藏密祖师诺那活佛曾开示说：“最好有一串凤眼菩提子念珠，修一切法均可通用，功德最大”。格鲁派祈竹仁波切也开示说：“佛陀是在菩提树下成道的，菩提珠本身的坚硬特质又有吉祥的表义，所以菩提珠适合作任何法门的修持”。金安一居士所著《密宗辑要》一文也说：“修一切法均可用凤眼菩提子珠。”

汉传佛教中，也不乏青睐凤眼菩提者。如净土宗大德黄念祖居士，他持用凤眼菩提，而且这串凤眼念珠在往生后化为念珠舍利（详见后面的资料）；台湾散文家林清玄居士也偏爱凤眼菩提，他著有一篇散文《凤眼菩提》，即以其珍爱的一串凤眼菩提为线索展开，颇为引人入胜。
用凤眼菩提子修持功德最大，其原因为何？对此，智敏慧华上师开示说：若了义地解（诺那）祖师之开示，乃指安住菩提心体，若持咒、甚或不持咒，皆具最大功德。

密教中由于三部(胎藏界)、五部(金刚界)修法之不同，对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比，是有所不同的。据《苏悉地羯罗经》说： “佛部用菩提子珠，观音部用莲花子珠，金刚部用噜椰罗叉子珠。”又据《守护经》及《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠，宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠，羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗辑要》一文说：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修怀法及长寿法用珊瑚珠，修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠，修一切法均可用凤眼菩提子珠。”