在佛教传说中, 关于佛珠的起源, 一般都以《木穗子经》所载佛陀对波流离王的启示作为通说, 经文道:
佛告王言:“若欲灭烦恼障,报障者当贯木穗子一百八,以常自随。若行若坐若卧,恒当至心无分散意。称佛陀、达摩、僧伽名, 乃过一木穗子,如是渐次木穗子,若十若二十,若百若,乃至百千万。若能满二十万遍,身心不乱,无诸陷曲者，舍命得生第三焰天,衣食自然,常安乐行。若复满一百万遍者,当得断除八百结业。始名背生死流,趣向泥疽,永断烦恼根,获无上果,信还启王。”
王大欢喜,遥向世尊,头面礼佛云:“大善! 我当奉行 !”即救吏民,营办木穗子,以为千具。六亲国戚,皆与一具。王常诵念，虽亲军旅,亦不废置。
这段经文的大意是:佛陀告诉波流离王,贯穿一定数目的木穗子,作为坐卧行住时念诵三宝名号的辅助器物,不断念诵,并以此来摄持心念, 令心专注,渐次达到“身心不乱,无诸陷曲”,命终之后即能得生善处,乃至永远断除烦恼,获得无上佛果。

由此可知,波流离王在佛陀的开启下,便开始用木穗子来制造佛珠, 持念“三宝”之名, (三宝是佛教的教法和证法的核心。简单的说,三宝是指佛宝、法宝、僧宝。佛宝是指已经成就圆满佛道的一切诸佛;法宝是指诸佛的教法;僧宝是指依诸佛教法如实修行的出家沙门,即一切出家修行的人。) 用以消除烦恼,永断障根。这便是佛教当中佛珠最初的起源和传说。