影响一串菩提子价格的因素很多，菩提子主要看品种和品相，出身好、品相好的升值潜力都比较大，而年份久远的稀有菩提子价格更是不菲。
菩提子种类繁多，目前市场上比较走俏的四个名贵品种分别是龙眼菩提、凤眼菩提、星月菩提和金刚菩提。挑选购买菩提子时要注意选对品种，好品种的升值空间比较大，现在大部分人都选择收藏星月和金刚菩提，这两种相对比较大众化，而凤眼和龙眼菩提更为名贵，但收藏的人也不少。
其次对菩提子而言，品相至关重要。好品种的菩提也要品相好才值钱，例如星月菩提，首先要“正月”，菩提表面最大的孔即菩提眼要位居正中间，而周围的小孔要如众星捧月一般，而整串菩提子的菩提眼看起来能整齐地排列在一条线上的更受欢迎；其次要看大小，菩提子越大越好，直径1.1厘米以上的产量都比较小，甚为珍贵，且整串菩提子应该从外形大小到成色大体一致；三是看密度，密度越大越有厚重感，越受藏家追捧。
另外，购买收藏菩提子应看工艺，工艺好的升值潜力才大。工艺好的菩提子虽然价位高但更受市场青睐，例如星月菩提，干磨比水磨更好，水磨的菩提子表面比较光滑，盘玩时不易上色，而干磨工艺繁琐，表面较为粗糙，盘玩之后更加好看，日后的升值空间也比较大。
精品老菩提因罕见稀少而价位极高。一般越老越罕见的菩提越值钱，就金刚菩提而言，金刚以瓣数为标准，10瓣以上的“大金刚”非常罕见且价格昂贵，而品相较好的老凤眼菩提价格已经在千元甚至万元以上。但目前市面上品相好的菩提子非常少见，可谓是“一子难求”。
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