如果菩提子串珠的真假鉴别有一定客观依据的话，那么菩提子串珠的优劣高下则是一个仁者见仁、智者见智的话题。一方面，由于菩提子串珠的种类众多，因此某些特定的菩提子串珠都有自己特别的评价标准。另一方面，玩家的审美取向不同，有的玩家喜欢新菩提，追求的是把玩的过程；有的玩家喜欢老籽儿，疯狂追捧年头长的菩提子串珠。但是，对于菩提子串珠的优劣还是能找出一些评判的方法。
在挑选菩提子串珠时，收藏爱好者应该首先看菩提子串珠的外形。通常，可以先看整条串珠是否规整，造型、色泽甚至加工工艺是否具有统一性，有没有漏珠或者间距不一致、过松过紧的现象。同时，还可以在手中掂量一下，看看串珠的分量几何。重量越大密度就越高，木质也更紧致，串珠的分量平时不显重要，但是在后期玩家把玩时往往会对盘玩者的手感产生很大的影响，考虑到要想把一串菩提子串珠盘养成才需要很多的时间，所以菩提子串珠的手感是一个很重要的因素。
我们现在常能发现有些菩提子串珠的单个珠体质量不错，但是合在一起构成整条串珠时显得水准一般，这就是手工制作者艺术水平的体现了。看完整体之后，可以再对单个珠体进行仔细鉴赏，看看外观是否端正、硬度是否适中，有没有缺损的现象，损珠、缺珠、残珠甚至瘪珠都是影响菩提子串珠美感的大忌。
同时，菩提子串珠的色泽是非常重要的一个评审环节。菩提子串珠给人的第一印象往往来自于色泽效果，外表光泽油润、纹理细腻且色彩和谐的串珠能够给人更强的视觉美感。同时一串菩提子串珠的整体色彩一定要协调，无论是由同一籽料组成的菩提子串珠，还是由不同籽料搭配而成的“多子菩提花串”，都要小心由于色差过大从而造成对整条串珠品相的伤害。
另外，菩提子串珠的花纹和纹理也是构成菩提子串珠美感的重要因素。如果说形状大小是菩提子串珠美感的基础因素，那么花纹则是提升菩提子串珠艺术美感的高级指标。对于菩提子的佩戴和挑选还是要看收藏者自己的喜好，有的人喜欢整齐划一、反差较小的菩提子串珠，可能就更适合选购“金线菩提子串珠”；有的人喜欢高山流水，追求个性洒脱，那就不妨考虑一下“龙珠菩提子串珠”。
我认为，对于某些有芽眼的菩提子串珠，我们不必刻意追求芽眼的位置。菩提子串珠作为自然界原生的结晶，不同于机器化大生产下的流水线产品，一定的差异和错位反而更能凸显串珠的自然性和净化感。像是“凤眼菩提子串珠”、“麒麟眼菩提子串珠”等，我们可以看看芽眼是否优雅端正、突出明显，而不必刻意追求颗颗正中。
我们可以看到，菩提子串珠的选择确实是因人而异的，不可能有一个完全统一的审美标准，收藏者还是应当根据自己的喜好来加以选择。