基本方法
出自天然裸露环境下的完整菊花石已经绝迹，人们用化学或物理方法将真正的菊花石加以改变，但一般来说，用化学方法改变过的易碎易损。 使用一些化学或物理的方法将材质疏松的石材加固，但一般只加固了表面。
利用人们仰慕菊花石而又不懂菊花石的心理，用其它的石花哄骗顾客。顾客可以根据其色泽是否自然天真加以判别。
将真正的菊花石嫁接在其它石材上或者嫁接在同质石材上。这种情况，仔细观察一下就可辨别。虽然形成菊花石的基材可能有多种，但两种或多种基材相邻线肯定不会整齐划一，也不会中间另有胶质。
菊花石的花心是菊花石的灵魂。菊花石上的菊花如没有花心或者花心是另外加上去的，其艺术性和价值都会大打折扣，因而，无心或另加上去心的菊花石就只能算二等品了。无心，一眼即可看出，虽然有的无心菊花仍然非常漂亮，但还是算有缺陷。
整体识别
真正的菊花石中心一般应有一个和花瓣基本同色的晶石，花瓣从中心晶石向四面八方呈放射状分布，所以，如石材不厚，从背面也应该可以看出花瓣的延伸部分，从理论上说，如石材为圆体，则从任意方面打磨，都应该可以显现出一朵完整的菊花。上等的菊花石基材必须紧密、坚硬，菊花必须完整无缺、清晰动人，整个菊花石应该色泽自然，以尽量少的人工介入为好。