人造水晶最大的特点是有子晶晶核。人造水晶若有晶核则较好判断，因为晶核一般为无色的长板柱状，与周围合成晶界线清楚。但近来市面上一些无色人造水晶，因晶核和合成晶都是无色，加之在晶核中有一些天然包体特征或在晶核与合成晶之间的一些气泡，使一些未有经验的人很容易误认为是天然水晶，仔细观察就会发现，晶核中的包体仅存在于子核柱内，四周有一种被一无形墙截住，断而不延之感觉。晶核与合成晶之间的气泡都沿晶核壁分布，形成相互平行的“气泡壁”。有些气泡呈蝌蚪状，头多向壁尾向外排列。天然水晶中也常有沿一个面排列的群包体出现，但这个面常是单一的、有起伏变化的，并且组成该面的包体在宝石显微镜下会发现多为二相包裹体，而不只是气泡。两者的区别还是明显的。
人造水晶尤其是彩色人造水晶的第二个特点是颜色均一。整串项链色较均一，尤其是黄色水晶系列及茶色、黑色的合成晶。而天然的黄色和茶色、黑色水晶色常不均一。天然水晶不仅色不均一，而且常常茶色调（除茶色水晶外），更有趣的是在晚上白炽灯下，茶黄色水晶不带一点黄色，完全象茶色水晶，若和茶水晶混在一起竟不好辨认。而笔者所见到的合成黄水晶颜色都很纯正均一，有个别的色调较暗，但不带茶色调，且在晚上白炽灯下不会变色。
值得注意的是在人造水晶中，常有一些定向性较好的深紫色片，很容易让人联想到天然紫晶中不规则片状色团的特征。二者最大的区别是合成紫晶中的深紫色色团呈近平行的片状定向排列，大小形态差别不大，界线明显。而天然紫晶的色团是随意的不规则状，色调有深浅变化，而且界线是渐变的。若将合成紫晶中的深紫色片比喻成漂浮的“紫布片”，则天然紫晶中的紫色团可看成是漂浮的“紫烟团”。这就是二者的主要区别。
人造水晶的第三个特点是净洁无瑕。天然水晶中常有包裹体和绵，而人造水晶晶莹剔透。个别人造水晶有气泡或一些固体杂质。近来一些人造水晶内常有一些三角形长管状气孔，在这些气孔中有绿色或红色粉状物。这种长管的特点是沿一个方向平行排列，断面为三角形，内常有不均匀的绿色或红色粉状物沿壁分布，中间往往是空的，长管端头有变尖之趋势。而真正的天然发晶是含碧玺、阳起石、金红石等矿物的晶体,这些矿物各有其晶形,如阳起石的“竹节状”形态。它们被包在水晶中，无方向性随意排列，粗细长短名异，并常伴有天然水晶所固有的包裹体和绵等。天然水晶与人造水晶的主要差别在于，人造水晶在放大镜下一般都会看到气泡，而天然水晶不会有气泡；天然水晶里面总有一丝的杂质，人造水晶却显得纤尘不染，干干净净。
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