祖母绿与海蓝宝石都属于绿柱石类宝石，两者有着完全相同的物理结构，相差甚微的化学成分，但由于生长于不同的地质环境中，使它们的特性相去甚远：祖母绿称得上是“绿宝石之王”，它生长于变质岩中，成矿条件较为复杂，多变化，因而大多“小巧玲珑”，大于2克拉的祖母绿甚少。
祖母绿颜色娇艳，但多含杂质，有雾状的小裂隙。海蓝宝仅属中档宝石，它生长于伟晶岩中，环境封闭而稳定， 晶体一般较大，最大的达16公斤，内部大都很纯净、包体少，有似海水般的蓝色。
与祖母绿最易混淆的是合成钇铝榴石，它也呈绿色，内部极纯，表面光泽强，在强白炽灯下常泛红色调。相比之下，天然祖母绿，表面不很亮，强白炽灯下多不泛红。
海南宝石的主要仿制品是蓝黄玉，目前市场出售的海蓝宝石多为新疆阿尔泰所产，呈浅海蓝色，或蓝绿色，有些在放大镜下可以见到细管状的包裹物。蓝黄玉 是人工将无色的黄玉改成蓝色的，大多色较深，有时还不均匀。蓝黄玉内部一般很纯净，虽然它和海蓝宝石的石质都是天然的，但蓝黄玉的价格仅为海蓝宝的1/4--1/8左右。
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