碧玺的二色性颜色通常为与其体色相同色彩的中至强色调，许多宝石晶体的长向较横向吸收更多的光线，一个宝石晶体从侧边看为淡绿色，但从长向观察可能为深绿色，有时几乎是黑色。
许多绿色碧玺的净度为肉眼观察干净，部份会呈现猫眼现象，经常含有不规则、线状，单独存在或交错排列的液体和气体的内含物，也可能有似镜面的气体填充裂纹，长形中空或有时覆盖微小矿物晶体的生长管亦是典型内含物。
有些绿色碧玺其艳丽的颜色和典型的小尺寸可作为辨别特征，由巴西帕拉伊巴省所产，由铜元素致色的鲜艳蓝-绿色，通被称为“霓虹绿”，与一般的碧玺相较，它的色彩较饱和，色调较淡。一克拉以上的绿色及蓝-绿色帕拉伊巴碧玺是稀有的，且是市场上价值最高的绿色碧玺。由铜杂质致色的类似蓝-绿色碧玺亦产自奈及利亚。
利用裂缝填充处理来改善碧玺的净度外观已变得较普遍；另一种常见的处理是利用塑料来填补生长管，特别是在具有猫眼现象的宝石上；深绿色的碧玺可能经热处理来淡化体色，而此种处理结果是无法检测出来的。
有许多类似颜色，但较不昂贵的宝石材料，可作为帕拉伊巴碧玺的替代品，一种是产自巴西和马达加斯加的蓝绿色的磷灰石(apatite)，常被称为“霓虹磷灰石”，其折射率值为1.63~1.64，与帕拉伊巴碧玺稍有不同，而折射率差明显较低－0.002~0.008。
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