玉髓和玛瑙的区别之一在于物理结构的不同：
玉髓与玛瑙虽然同属于石英的一种，但是因为各自的形成条件不同，所以内部结构也截然不同。玉髓属于含水石英的隐性晶体，和水晶十分接近，玻璃到油脂光泽，通透感极强，但玛瑙却是脱水二氧化硅的胶凝体，具玻璃光泽，通透稍逊与玉髓。
玉髓和玛瑙的区别之二在于条纹的不同：
玛瑙属于中低档玉石原料，隐晶质结构（也就是说看不到结晶体的颗粒），有明显的带状条纹，玻璃光泽，是很容易分辨的。需要注意的是玛瑙和玉髓的区别，玛瑙隐晶质，有明显的条带纹理，玻璃光泽，而玉髓是微晶质，没有条带状纹理，玻璃到油脂光泽。
玉髓和玛瑙的区别之三在于是否有纹带花纹：
玉髓其与玛瑙的区别就在于是否有纹带花纹。严格地讲，没有纹带花纹的特征。只能称为“玉髓”，为能称为玛瑙。但在现在的市场上，一些没有纹带花纹的玉髓也被当成“玛瑙“，这与古代玛瑙的含义是不相符的。在玉髓中许多是玉石原料，因其颜色的不同，分为：红玉髓（亦称英卡石）、葱绿玉髓、血玉髓（亦称血石）和碧石（以前亦称碧玉）等。
玉髓和玛瑙的区别之四在于颜色的不同：
玛瑙按形态特征可划分为以下几个品种：缟玛瑙(有缠丝玛瑙和截子玛瑙之分)、红缟玛瑙、苔藓玛瑙(又称树枝状玛瑙)、风景玛瑙(又称城砦玛瑙)、火玛瑙、水胆玛瑙。著名的南京“雨花石”是具同心纹构造的玛瑙的一种。玛瑙的评价与选购因素是颜色、透明度、块度。工艺要求是颜色鲜艳、纯正、色层厚；表面光洁，透明度高；纹饰均匀、明晰，线性程度好；质地细腻、坚韧；无裂纹或裂纹少；块度大。红色和蓝色为最佳。
玉髓和玛瑙的区别之五在于品种的不同：
绿玉髓(又称澳洲玉，中国又称英卡石)、浓绿玉髓、碧石、血玉髓(又称鸡血石)等。玉髓的颜色纯正而美丽，块度越大越好。绿玉髓、葱绿玉髓的优质者最为珍贵。玉髓多加工成戒面、手镯、项链等首饰。
玉髓和玛瑙的区别之六在于晶体构造的不同：
玉髓是隐晶质集合体，内部分子微小，肉眼观察不到，所以十分细腻，它以乳房状或钟乳状产出，常呈肾状、鈡乳状、葡萄状等。玛瑙是经常混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，常见的为同心圆构造，颜色不一，视其所含杂质种类及多寡而定，通常呈条带状、同心环状、云雾状或树枝状分布。
另外还有一方面可以来看玛瑙和玉髓的区别，是根据不同颜色、纹带及其它花纹可以区分开。玉髓制品易与东陵石、密玉、碧玉等相混淆，可以根据颜色、质地、密度等方面的差别来区分。玉髓制品光亮、隐晶质结构，质地细腻。东陵石等石英岩颗粒粗大，细粒结构，质地相对较粗糙。与绿玉髓相似的玉石有绿色翡翠、绿松石、天河石等。绿色翡翠变斑晶交织结构，可见到斑晶或纤维状硬玉晶体。绿松石透明度差，瓷器光泽，硬度低，为5－6。天河石具有明显格子状条纹。
玉髓和玛瑙的相似之处虽然很多，但是根据上面我说的这么方法，你应该更加容易，更加轻松的辨别出玉髓和玛瑙的区别的。因为玛瑙与玉髓的功效相差很多，玛瑙是佛教七宝之一，所以玛瑙的功效要比玉髓强劲的多，这点也是玉髓所不能比拟的。
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