一天晚上，大师正经行。忽然顶门轰然一声，如炸惊雷。山河大地、身心世界豁然顿空。又觉其境界不是空所能比喻……如此持续一段时间才渐渐有身心，脚下踏实。开眼见山河大地，一切景象依旧。身心轻快，举足如风，受用难以形容。回洞中后，老僧问：“今夜经行为何这么久？” 大师遂将所得境界相告。老僧说：“此为色阴境界，不是本有。我住此洞三十多年，除阴雨风雷天气外，几乎夜夜经行都有此境界。但不执著，则不被它蒙蔽本有。”憨山大师作礼感谢老僧指教。

一天，在食后经行中恍然入定。不见身心，唯有一大光明藏，圆满湛寂，如大圆镜。山河大地，影现其中。自觅身心了不可得。即有一偈涌出：“瞥然一念狂心歇，内外根尘俱洞彻，翻身触破太虚空，万象森罗从起灭。”从此内外湛然，再不为声音、色相所障碍。过去的疑念，当下顿消。回到屋内，看饭锅上已生厚厚的灰尘，因无人问时间，不知过去多久了。憨山大师自悟后，无师请益，便展读《楞严经》以求印证。过去未听法师讲过此经，现在结合自己内证体验观照阅读，不起丝毫妄识情见。如此历经八个月，全经旨趣了然无疑。

憨山大师下五台山后，暂住在平阳府太守胡顺庵家。胡公求大师赋诗，并留下古今诗集几本供参考。大师随手翻阅几页，刚一动念构思，文字诗句便如泉涌，不可遏止，倾刻之间已做二三十首。大师忽然警觉到：这是文字习气魔发动，应立即停止。但是一发而不可收，以前所学的诗书词赋，凡是曾过目的都一齐现前，充塞虚空，即使全身是口，也不能吐尽。更不知身心何在，默默内观，有飞升之感。大师想：这正是过去法光法师所说的禅病了。但在这里谁能为自己对治呢？无奈，只得以睡眠消静。

于是，大师强迫自己入睡，难以入眠。索性披衣趺坐，忽然坐忘如睡……后来，胡公家的童子来敲门，久久没有回应。胡公归家后知道此事，立即叫人破窗而入。只见憨山大师披衣端坐，便上前呼叫，叫不应，又推了几下也不动。正不知怎么办时，忽然想起大师曾说过，敲磬子可以唤醒出定。于是急忙取来磬子在大师耳边连敲十几声。大师渐渐出定，睁开眼睛后仍不知身在何处。

胡公说：“我一出门师就闭门坐，到今天已经是五天了。”大师说：“我不知道，好像才是一呼吸呀。”说罢，默坐谛观，仍不知这是什么地方？从哪里来？最后想起住山、行脚之事，都像在梦中，一概不可得。又如雨散云收，长空如洗，皆寂然了无影像，心空境寂，其乐无可比拟。乃得偈一首：“静极光通达，寂照含虚空。欲来观世间，犹如梦中事。”憨山大师经此境界，方知佛语真实不虚。

明朝天启三年十月十二日正申时，憨山大师于广东曹溪端坐而逝，世寿七十八岁。当天夜里，群鸟悲鸣。并有毫光冲天，照亮夜空。四众哀恸，声震山谷。大师灵体三天以后依然栩栩如生，面皙唇红，手足绵软，如入禅定。憨山大师灵龛于第二年正月二十一日归匡山。因匡山地多阴，不便安葬，经二十年后又从匡山重返广东曹溪。大众开灵龛瞻视，见大师结双跏趺坐，面色鲜红，爪发犹生，衣服尚新，只是开龛以后立即见风零星飘碎。当时有一僧人建议依天竺的方法，用海南栴檀抹涂其体。众人同意他的作法，此僧人涂罢以后即离去不见。