真菌入侵是结香的关键环节。在树体受伤恢复过程中，如果周边环境中的温度、湿度等条件适合，而正好伤口周边存在适合的真菌，菌群就会通过沉香树伤口表皮入侵树体，并且迅速以树液中的营养因子为培养基进行复杂的生物反应过程，真菌在厌氧环境下产生了很多了很多代谢物，而这些代谢物中含有大量沉香树原本所没有的新的芳香物质，而这些芳香物质就是沉香香气的来源此时，沉香树内凝固因子会大量生成，并逐渐凝固被感染区域内的部分脉管中的树液，以此来抵抗真菌的进一步入侵。这时，虽然沉香树种已经有芳香物质，但其量极少，并不成形，还不能成为沉香。
感染的持续和扩散。真菌感染和代谢不仅停留在伤口位置，还会沿着树体的营养管道进一步入侵，这就是我们通常所说的感染扩散过程。在各种条件满足下，在沉香树内，真菌不断扩大感染，不断与树体内的各种因子相互作用，持续产生芳香物质，又不断被树的凝固因子凝结在脉管中，这个感染、反应、产生芳香物质、被凝固、再扩散感染的过程，周而复始。循环往复，被称为持续感染阶段。这一阶段是持续结香并最终结出成块沉香的保证。
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