沉香因长年暴露在深山沼泽林野中，且天性即有抗菌之质，所以保存十分容易，但须注意以下几点：
1、勿与有味道的物件或器皿共同存放，例如不宜放在有任何味道的木制抽屉、橱柜中，以免沾染杂味。最理想的收藏方式是自然阴干后置放在干净 无杂味的陶瓮、玻璃罐或塑胶保鲜盒中。
2、勿置放於阳光直接曝晒的地方。保存的空间务必讲求空气流通且无杂味。
3、新购置的沉香若含水湿，非干燥沉香，可用干布包裹自然阴干约五年至七年，不可直接风吹或日晒，以免干裂或质变。待品质趋於稳定，方能密封，以防止发霉质变。
4、勿长久置放于冰箱内。有些人因怕沉香失重而长久保存于冰箱内，这是错误的，特别是棋楠。
5、若沉香沾染异味时，可泡清水三十分钟，再取出阴干。反覆至涤尽杂味再置放於同气味的沉香粉末中，自可恢复原有的芳香。此法有诸多负面，请慎之。
《粤海香语》有关棋楠香的收纳保养方法：“藏者以锡为匣，中为一鬲而多窍，蜜其下，椅楠其上，使薰炙以为滋润；又以棋楠未养之，他香未则不香，以其本香还其魂，其精多而气厚。寻常时，勿使见水、勿使见燥，风霉湿土则藏之，否则香气耗尽。”
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